Esta es la aplicación de Linux llamada CaptureProbe cuya última versión se puede descargar como Runningexample.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada CaptureProbe con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
Sonda de captura
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DESCRIPCIÓN
Aquí, desarrollamos CaptureProbe, una herramienta Java gráfica y fácil de usar para diseñar sondas de captura para aplicaciones Capture Hi-C. CaptureProbe es fácil de usar, solo necesita archivos de entrada simples y proporciona abundantes parámetros para diseñar sondas. CaptureProbe puede diseñar sondas específicamente para sitios genómicos y regiones genómicas de interés. Las comparaciones con los softwares existentes (HiCapTools y GOPHER) indicaron que CaptureProbe tiene una buena tasa de éxito de diseño y una mejor especificidad de la sonda.
Cita: MA YF, ADEOLA AC, SUN YB, et al. 2020. CaptureProbe: una herramienta java para diseñar sondas para capturar aplicaciones Hi-C. Zool Res [J], 41: 94-96.
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/captureprobe/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
