Esta es la aplicación de Linux llamada CStone cuya última versión se puede descargar como cstone.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada CStone con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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Cpiedra
DESCRIPCIÓN
CStone es un ensamblador de novo para datos de RNA-Seq que utiliza gráficos similares a los de Bruijn y anota cada contig producido con uno de los tres niveles de clasificación de gráficos que indican si se puede garantizar que no sea quimérico o no. Los niveles de clasificación dependen de la complejidad de la familia de genes de la que se derivan las lecturas. Como subproducto, esto también proporciona información sobre la composición estructural de las familias de genes subyacentes que se han secuenciado. Más detalles estarán disponibles en breve en nuestro documento: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34813594/.
Caracteristicas
- Ensamblaje de novo de datos de RNA-Seq.
- Identificación de contigs no quiméricos.
- Compatibilidad multiplataforma.
- Frasco ejecutable disponible.
- No se requieren paquetes externos.
- Código fácil de seguir e incorporado a otras herramientas.
- Información sobre la complejidad de las familias de genes subyacentes.
- de Bruijn como un enfoque (más indulgente).
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/cstone/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
