Esta es la aplicación de Linux llamada EXCAVATOR-tool para ejecutar en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada EXCAVATOR-tool para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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Herramienta EXCAVADORA para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
ATENCION !!!!! ATENCION !!!!! ATENCION !!!!! ATENCION !!!!!Recientemente publicamos en BMC Genomics un paquete de software novedoso, llamado XCAVATOR, para la identificación de CNV / CNA a partir de experimentos de secuenciación del genoma completo de lecturas cortas y largas (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR está disponible gratuitamente en http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR es un paquete de software novedoso para la detección de variantes del número de copias (CNV) a partir de datos de secuenciación del exoma completo.
EXCAVATOR ha sido publicado en Genome Biology (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
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¡¡¡¡¡ATENCIÓN!!!!! Para utilizar correctamente la herramienta EXCAVATOR, los usuarios deben descargar los archivos de mapeo de uniqueome en el siguiente enlace:
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (para hg19)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
Caracteristicas
- Secuenciación de próxima generación
- Copiar variantes de números
- Secuenciación del exoma completo
Lenguaje de programación
Perl
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/excavatortool/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.