Esta es la aplicación de Linux llamada FishingCNV cuya última versión se puede descargar como FishingCNV_1.5.3.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada FishingCNV con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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PescaCNV
DESCRIPCIÓN
FishingCNV, una herramienta de software desarrollada en la Universidad McGill, es una herramienta para el análisis integral de variaciones raras del número de copias en los datos de secuenciación del exoma de alto rendimiento. Las entradas son archivos de cobertura estándar producidos por Genome Analysis ToolKit (GATK), y la salida es un archivo que contiene CNV putativos.
El programa viene en 2 versiones diferentes.
* Versión de GUI (FishingCNV_X.XXzip)
* Versión de línea de comando (FishingCNV_X.X_pipeline)
Navegue por nuestros archivos para encontrar las diferentes versiones.
Caracteristicas
- Interfaz gráfica del usuario
- Análisis de CNV para pruebas / controles compatibles (por ejemplo, cáncer / tumor)
- Análisis de CNV para muestras no emparejadas
- Eliminación de efecto por lotes dentro del conjunto de control
- La salida delimitada por tabuladores se puede ver en Excel
- El archivo de salida adicional se puede visualizar en IGV
- Gráficos de distribución y gráficos de valores atípicos para cada cromosoma
Audiencia
Ciencia / Investigación, Educación
Interfaz de usuario
Swing de Java
Lenguaje de programación
Java, S / R
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/fishingcnv/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
