Esta es la aplicación de Linux llamada IPGWAS cuya última versión se puede descargar como ipgwas3.0.5.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada IPGWAS con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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IPGWAS
DESCRIPCIÓN
Canalización integrada para estudios de asociación de todo el genomaCaracteristicas
- estudio de asociación de genoma completo (GWAS)
- control de calidad (qc)
- Parcela de Manhattan y parcela de QQ
- Prueba de tendencia de Cochran-Armitage, prueba de asociación
- combinar el conjunto de datos de GWAS, dividir los datos de GWAS por cromosoma
- Convertir chi-cuadrado de salida de EIGENSTRAT en valor p
- Convierta la salida de imputación MACH a formato PED / MAP y formato SNPTEST
- Convierta archivos PED / MAP al formato de entrada predeterminado de PHASE y BEAGLE
- Convierta archivos PLINK y SNPTEST a formato GWAMA
- Calculadora de valor P (prueba de chi-cuadrado, prueba de tendencia de Cochran-Armitage y prueba exacta de Fisher)
- Cambiar el estado de afección de los datos GWAS
- filt Sujetos de datos GWAS por estado de afecto (caso / control) y / o género (hombre / mujer)
- GUI para PLINK, prueba de relación SNP
- filtrar los SNP significativos de singleton
- eigPlot (trazar el resultado de eigenstrat)
- Convierta archivos PED / MAP al formato de entrada predeterminado de MACH e IMPUTE2
- Convierta la salida de imputación IMPUTE2 al formato TPED / TFAM (PLINK)
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/ipgwas/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
