Esta es la aplicación de Linux llamada Javamony para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como Javamony.jar. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada Javamony para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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Javamony para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
Basado en el no tan exitoso Pysimony (https://sourceforge.net/projects/pysimony/), el mismo estudiante decidido da otra oportunidad al problema filogenético.Javamony se invoca de la siguiente manera:
java -jar Javamony.jar [input.fasta] [aleatorio / paso a paso (árbol inicial)] [# de bootstraps] [taxón externo # 1] [taxón externo # 2] ...
Javamony, que no pretende ser un programa competitivo de inferencia filogenética, es una oportunidad para mí de adquirir el lenguaje Java mientras aprendo a abordar y resolver problemas fundamentales de filogenia. Por lo tanto, para mi propio beneficio educativo, todo el código es original. Por supuesto, probablemente también haya muchos errores.
Distribuyo Javamony, como hice con Pysimony, con la esperanza de que sea de valor educativo para otra persona o al menos vagamente divertido.
Las próximas funciones serán:
- Soporte para secuencias de aminoácidos
- Soporte para formatos de archivo adicionales (por ejemplo, Nexus)
- Multihilo
- Métodos de puntuación adicionales (por ejemplo, máxima probabilidad)
Caracteristicas
- Utiliza la máxima parsimonia
- Lee un archivo de entrada FASTA (solo DNA)
- Grupo externo establecido por el usuario
- Árboles iniciales de suma aleatoria y paso a paso
- Utiliza la búsqueda de árboles SPR (poda y reinjerto de subárboles)
- Realiza bootstrapping
- Genera formato Newick estándar con soporte de arranque y longitudes de rama
- Dibuja el árbol final con soporte de bootstrap
Audiencia
Ciencia / Investigación, Educación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
Java
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/javamony/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
