Esta es la aplicación de Linux llamada JSiteDescriptor cuya última versión se puede descargar como binaries.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada JSiteDescriptor con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
JSiteDescriptor
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DESCRIPCIÓN
Un conjunto de programas Java que extraen información química y de coordenadas de archivos PDB.
Las regiones del sitio de unión se extraen utilizando un esquema basado en cuadrículas.
Para el sitio de unión, se genera un descriptor espacio-químico basado en el algoritmo PocketMatch del Dr. Kalidas (autor de este proyecto también).
Caracteristicas
- Generación de descriptor de vector basado en PocketMatch para un sitio de enlace
- Ejecución en modo de archivo PDB único o modo por lotes
- Especificación del sitio como vecindad de ligando - (código de ligando, nombre e identificación de cadena)
- Especificación del sitio como vecindad del subconjunto PDB usando EXPRESIONES REGULARES
- Especificación de múltiples rangos de átomos que recubren un sitio de unión
- El archivo de procesamiento en modo por lotes captura los parámetros de entrada a través del archivo XML + conforme a la especificación XSD
- Mayor capacidad de configuración: selección de grupos de residuos, radio y categorías para sitios
- Tecnología Java Swing para GUI
- Arquitectura de software simple y extensible para desarrollos futuros
Audiencia
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Swing de Java
Lenguaje de programación
Java
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/jsitedescriptor/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
