Esta es la aplicación de Linux llamada locusvu para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como LocusVu.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada locusvu para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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locusvu para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
LocusVu es una nueva herramienta de software basada en Java que acepta una lista de loci genómicos (posiciones en el cromosoma) como entrada y automatiza la búsqueda de información relacionada (banda citogenética, nombre del gen, datos OMIM, etc.) de bases de datos públicas como el navegador del genoma UCSC. base de datos. Luego habilita múltiples flujos de trabajo en los resultados recuperados, como comparar múltiples conjuntos de datos (genómica comparativa), ver genes vecinos para un loci desde la propia herramienta o representar gráficamente estos resultados en gráficos de barras / circulares. LocusVu tiene una GUI simple y fácil de usar en la interfaz que permite la interacción intuitiva del usuario con la lógica subyacente.La herramienta se puede ampliar fácilmente para agregar soporte para otras bases de datos (por ejemplo, Ensembl) o para buscar información
de otras tablas de la base de datos. Por lo tanto, LocusVu proporciona un marco básico que pueden utilizar tanto los usuarios como los desarrolladores para simplificar los flujos de trabajo existentes y crear otros más nuevos para respaldar el análisis de datos en genómica.
Caracteristicas
- Automatiza la recuperación de datos de las bases de datos (actualmente la base de datos del navegador del genoma UCSC)
- Habilita flujos de trabajo en resultados recuperados como ...
- ..comparing múltiples conjuntos de datos (genómica comparativa)
- ..ver genes vecinos de un locus (desde la propia herramienta)
- .. representar gráficamente los resultados (gráficos de barras / circulares)
- GUI fácil de usar en la interfaz para un uso intuitivo
- Registro con Log4j para una depuración sencilla
- Fácilmente extensible
Público
Ciencia / Investigación, Desarrolladores
Interfaz de usuario
Swing de Java
Lenguaje de programación
Java
Entorno de base de datos
MySQL
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/locusvu/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
