Esta es la aplicación de Linux llamada MANTI.pl / muda.pl para ejecutar en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como muda.pl-v3.6.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada MANTI.pl / muda.pl para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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MANTI.pl / muda.pl para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
-------- ATENCIÓN INICIO: CAMBIAR EL NOMBREmuda.pl fue renombrado a MANTI.pl con v3.7, el desarrollo del proyecto se puede rastrear en la página del proyecto MANTI en sourceforge.net. Las versiones antiguas permanecen aquí para fines de archivo.
-------- ATENCIÓN FIN
muda.pl es un script de evaluación (escrito en Perl) sin grandes dependencias.
Reúne información de 4 archivos de salida MaxQuant diferentes en un archivo maestro adecuado explícitamente para análisis de neo-terminales de proteínas. El ancla central para la congregación de datos es el archivomodificationSpecificPeptides.txt: los datos adicionales se infieren de otros archivos de origen diferentes de la carpeta MaxQuant txt, pero el punto de partida para el ensamblaje de datos es únicamente el archivomodificationSpecificPeptides.txt. Quizás también sea útil para fines proteómicos normales, pero este script está muy optimizado para la identificación y validación de neo-terminales de proteínas.
Para obtener una explicación más detallada de los parámetros del script y la estrategia de evaluación, consulte el extenso manual en PDF.
Caracteristicas
- Evaluación de datos MaxQuant
- Identificación y validación de proteínas-Termini
- Montaje y anotación de datos UniProt
- Re-mapeo de Termini identificado a Isoformas
- Integración de Limma, LOCALIZER y TopFINDer
- Bien documentada
Audiencia
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
Perl
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/muda/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
