Esta es la aplicación de Linux llamada Pathoscope cuya última versión se puede descargar como pathoscope_2.0.6_clinical_pathoscope_1.0.3.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada Pathoscope with OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
Patoscopio
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DESCRIPCIÓN
Esta página está aquí para fines de archivo. Visite github para obtener la última versión del software: https://github.com/pathoscopePathoScope toma lecturas de secuenciación de próxima generación de una muestra de mezcla y predice qué genomas están presentes. Utilizamos un marco bayesiano combinado con una alineación inicial basada en referencias para asignar lecturas al genoma de origen correcto.
Patoscopio 2.0:
wiki:
http://sourceforge.net/p/pathoscope/wiki/Home/
Tutorial:
http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoscope2.0_v0.02_tutorial.pdf
Versión de Patoscopio Clínico: http://sourceforge.net/p/pathoscope/wiki/clinical_pathoscope/
Descarga de PathoQC: http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoqc_v0.1.4.tar.gz/download
Publicaciones: http://www.microbiomejournal.com/content/2/1/33
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/262
http://genome.cshlp.org/content/23/10/1721
Soporte:
PD: envíe un correo electrónico a mani2012 a bu dot edu si tiene alguna pregunta.
Caracteristicas
- PathoQC: PathoQC es un programa independiente de preprocesamiento y control de calidad para un conjunto de datos de alto rendimiento. Descargue PathoQC de http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoqc_v0.1.4.tar.gz/download
- Publicación PathoQC: http://la-press.com/article.php?article_id=4828
- Soporte: https://groups.google.com/d/forum/pathoscope
- Página de laboratorio: http://jlab.bu.edu/software/
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/pathoscope/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
