Esta es la aplicación de Linux llamada PRADA cuya última versión se puede descargar como PRADA.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada PRADA con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
PRADA
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DESCRIPCIÓN
La secuenciación masivamente paralela de cDNA transcrito de forma inversa a partir de RNA (RNASeq) proporciona una estimación precisa de la cantidad y composición de mRNA. Para caracterizar el transcriptoma mediante el análisis de datos de RNA-seq, desarrollamos PRADA. PRADA se centra en el procesamiento y análisis de estimaciones de expresión génica, identificación de fusión de genes supervisada y no supervisada e identificación de deleción intragénica supervisada.
PRADA admite actualmente 7 módulos para procesar e identificar anomalías a partir de datos RNAseq:
preproceso: genera archivos BAM alineados y recalibrados.
expresión: Genera expresión génica (RPKM) y métricas de calidad.
fusión: identifica fusiones de genes candidatos.
guess-ft: búsqueda supervisada de transcripciones de fusión.
adivinar si: búsqueda supervisada de fusiones intragénicas.
homología: Calcula la homología entre dos genes dados.
marco: predice la consecuencia funcional de la transcripción de fusión
Caracteristicas
- PRADA está escrito en lenguaje de programación Python y está diseñado para ejecutarse en un entorno de línea de comandos en sistemas operativos UNIX o LINUX.
- La descripción detallada de los pasos de instalación y el uso de cada módulo con ejemplos está disponible en la documentación en https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- Los archivos de referencia de hg19 están disponibles para descargar en http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- Para eliminar los artefactos de fusión, filtramos genes con múltiples socios en la misma muestra y homología.
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/prada/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
