Esta es la aplicación de Linux llamada Swift Sequence Alignment Program cuya última versión se puede descargar como swift-0.11.2.tgz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada Swift Sequence Alignment Program con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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Programa de alineación de secuencia rápida
DESCRIPCIÓN
Swift es un programa de alineación de secuencias de ADN que produce una alineación con huecos utilizando el algoritmo de Smith-Waterman. Toma un archivo de consulta (formato FASTA) y un archivo de referencia (formato FASTA) como entrada. Genera el nombre de referencia, el nombre de lectura, la alineación con espacios, la puntuación de la alineación, las posiciones inicial y final de la alineación y la longitud de la alineación.
Di una charla sobre Swift en la GPU Technology Conference 2012. Se puede acceder a la charla en http://www.gputechconf.com/gtcnew/on-demand-GTC.php?sessionTopic=58&searchByKeyword=&submit=&select=+&sessionEvent=&sessionYear=&sessionFormat=#1303.
Para instalar y ejecutar Swift, consulte la página Wiki: http://sourceforge.net/p/swiftseqaligner/wiki/Home/
Si necesita más ayuda para instalar o ejecutar Swift, comuníquese con Pankaj Gupta al [email protected].
Caracteristicas
- Produce una alineación con huecos utilizando el algoritmo de Smith-Waterman
- El algoritmo Smith-Waterman se ejecuta en la GPU (Unidad de procesamiento de gráficos)
- Acepta un archivo de lectura (formato FASTA) y un archivo de referencia (formato FASTA) como entradas
- Muestra el nombre de referencia, el nombre de lectura, la alineación con espacios, la puntuación de la alineación, las posiciones inicial y final de la alineación y la longitud de la alineación
- Admite lecturas de Illumina (longitud fija)
- Requisitos: sistema operativo Linux; 4 GB de memoria del sistema; Tarjeta gráfica compatible con CUDA; Kit de herramientas CUDA 4.2+; Memoria global de 6 GB; 49 KB de memoria compartida
Público
Ciencia / Investigación
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/swiftseqaligner/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
