Esta es la aplicación de Linux llamada UniPyRange para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como UniPyRangeSuite.py. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada UniPyRange para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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UniPyRange para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
Secuencia de comandos de Python muy simple que le ahorra las molestias de contar los aminoácidos / bases de ADN en archivos fasta de la base de datos Uniprot y NCBI RefSeq (1, 2).Supongamos que desea la secuencia de aminoácidos en el rango 128-387 de una proteína de 1000 aminoácidos; este script lo ayudará a evitar errores de conteo con solo mostrarle la secuencia especificada en aminoácidos y codificar pares de bases de ADN (ideal para el diseño de cebadores de amplificación ) de un ID de Uniprot especificado.
- Requiere BioPython (3) y Paquete de Bioservicios (4)
(1)
El Consorcio UniProt
UniProt: un centro de información sobre proteínas
Ácidos nucleicos Res. 43: D204-D212 (2015).
(2)
RefSeq: una actualización sobre las secuencias de referencia de mamíferos. Ácidos nucleicos Res. 2014 1 de enero; 42 (1): D756-63.
(3)
Cock PJ y col. Bioinformática (2009)
(4)
Cokelaer et al, Bioinformática (2013)
Lenguaje de programación
Python
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/unipyrange/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.