Esta es la aplicación de Windows llamada Scaffold_Builder cuya última versión se puede descargar como scaffold_builder_v2.2.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada Scaffold_Builder con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie cualquier emulador en línea de OS OnWorks desde este sitio web, pero mejor emulador en línea de Windows.
- 5. Desde el sistema operativo OnWorks Windows que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación e instálala.
- 7. Descargue Wine desde los repositorios de software de sus distribuciones de Linux. Una vez instalada, puede hacer doble clic en la aplicación para ejecutarla con Wine. También puedes probar PlayOnLinux, una elegante interfaz sobre Wine que te ayudará a instalar programas y juegos populares de Windows.
Wine es una forma de ejecutar software de Windows en Linux, pero no requiere Windows. Wine es una capa de compatibilidad de Windows de código abierto que puede ejecutar programas de Windows directamente en cualquier escritorio de Linux. Esencialmente, Wine está tratando de volver a implementar una cantidad suficiente de Windows desde cero para poder ejecutar todas esas aplicaciones de Windows sin necesidad de Windows.
SCREENSHOTS
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Andamio_Constructor
DESCRIPCIÓN
Scaffold_builder es un software para ordenar contigs generados por secuenciación de borradores a lo largo de una secuencia de referencia. Los espacios se rellenan con N y las pequeñas superposiciones se alinean con el algoritmo de Needleman-Wunsch y el consenso creado con los códigos IUPAC. Scaffold_builder puede ayudar en el ensamblaje y la anotación de genomas al revelar lo que falta y permitir la secuenciación dirigida para cerrar esas brechas.(c) Silva GG, Dutilh BE, Matthews TD, Elkins K, Schmieder R, Dinsdale EA, Edwards RA.
Por favor cite: "Combinando ensamblaje de novo y guiado por referencia con Scaffold_builder", Código fuente para Biología y Medicina 2013.
Caracteristicas
- andamio
- borrador del genoma
- bioinformática
Interfaz de usuario
Línea de comandos basada en web
Lenguaje de programación
Python
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/scaffold-b/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
