Esta es la aplicación de Windows llamada VarScan cuya última versión se puede descargar como VarScan.v2.3.9.jar. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada VarScan con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie cualquier emulador en línea de OS OnWorks desde este sitio web, pero mejor emulador en línea de Windows.
- 5. Desde el sistema operativo OnWorks Windows que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación e instálala.
- 7. Descargue Wine desde los repositorios de software de sus distribuciones de Linux. Una vez instalada, puede hacer doble clic en la aplicación para ejecutarla con Wine. También puedes probar PlayOnLinux, una elegante interfaz sobre Wine que te ayudará a instalar programas y juegos populares de Windows.
Wine es una forma de ejecutar software de Windows en Linux, pero no requiere Windows. Wine es una capa de compatibilidad de Windows de código abierto que puede ejecutar programas de Windows directamente en cualquier escritorio de Linux. Esencialmente, Wine está tratando de volver a implementar una cantidad suficiente de Windows desde cero para poder ejecutar todas esas aplicaciones de Windows sin necesidad de Windows.
SCREENSHOTS
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VarScan
DESCRIPCIÓN
Detección de variantes en secuenciación masivamente paralela. Para una muestra, denomina SNP, indels y genotipos de consenso. Para pares de tumores normales, clasifica cada variante como línea germinal, somática o LOH, y también detecta cambios en el número de copias somáticas. LA ÚLTIMA VERSIÓN ESTÁ DISPONIBLE EN GITHUB
Caracteristicas
- Llama a SNP e Indels desde archivos pileup de SAMtools
- Filtra variantes por cobertura, profundidad de lectura, frecuencia de variante y calidad base
- Determina el estado somático (somático, línea germinal, LOH) para pares de tumor-normal
- Compara, fusiona e interseca dos listas de variantes
- Limita las llamadas variantes a un conjunto de posiciones de destino o regiones de destino
- Gratis para uso no comercial.
Público
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
Java
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/varscan/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
