2ndscore - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

امتیاز 2 - بهترین سنجاق سر که در هر موقعیت لنگر انداخته شده است را پیدا کنید.

خلاصه

امتیاز 2 in.fasta > out.pins

شرح

برای هر موقعیت در دنباله، یک خط خروجی می دهد:

-0.6 52 .. 62 TTCCTAAAGGTTCCA GCG CAAAA TGC CATAAGCACCACATT
(امتیاز) (شروع .. پایان) (زمینه سمت چپ) (گیره مو) (زمینه سمت راست)

برای موقعیت‌های نزدیک به انتهای دنباله‌ها، زمینه ممکن است با «x» پر شود.
شخصیت ها. اگر سنجاق سر پیدا نشود، نمره "هیچ" خواهد بود.

چندین فایل فستا را می توان داد و توالی های متعددی را می توان در هر فایل فاستا قرار داد. در
خروجی هر دنباله با خطی که با '>' شروع می شود و حاوی عبارت است از هم جدا می شود
شرح FASTA از دنباله.

زیرا امتیاز سنجاق سر رشته مثبت و منهای رشته ممکن است متفاوت باشد (به دلیل GU
اتصال در RNA)، به طور پیش فرض 2ndscore دو مجموعه از سنجاق های سر را برای هر دنباله خروجی می دهد:
سنجاق سر FORWARD و سنجاق سر REVERSE. همه گیره های موی جلو ابتدا خروجی می شوند و
با داشتن کلمه "FORWARD" در انتهای خط ">" قبل از آنها مشخص می شوند.
به طور مشابه، گیره های سر REVERSE پس از یک خط '>' که با 'REVERSE' ختم می شود، فهرست می شوند. اگر شما
می‌خواهید فقط یک یا رشته دیگر را جستجو کنید، می‌توانید از:

--no-fwd سنجاق سر FORWARD را چاپ نکنید
--no-rvs سنجاق سر REVERSE را چاپ نکنید

شما می توانید تابع انرژی مورد استفاده را تنظیم کنید، درست مانند ترانسفورم با --gc, --au, --gu,
گزینه های --mm، --gap. گزینه های --min-loop، --max-loop و --max-len نیز پشتیبانی می شوند.

FORMAT OF L' .کیسه فایل ها
ستون های فایل های .bag به ترتیب عبارتند از:

1. نام_ژن
2. terminator_start
3. terminator_end
4. گیره_نمره
5. tail_score
6. ترمیناتور_دنباله

7. ترمیناتور_اعتماد: ترکیبی از سنجاق سر و دم نمره که
احتمال اینکه چنین امتیازهایی در یک توالی تصادفی وجود داشته باشد را در نظر می گیرد. این
"امتیاز" اصلی برای پایان دهنده است و همانطور که در توضیح داده شده محاسبه می شود
کاغذ.

8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gene: تعداد *تقریبی* پایه
بین انتهای ژن و شروع پایان دهنده جفت می شود. این
از چند جهت تقریبی است: اول، (و مهمترین) TransTermHP
همیشه از انتهای ژن واقعی استفاده نمی کند. بسته به گزینه هایی که می دهید
ممکن است برخی از انتهای ژن‌ها را برای مدیریت پایان‌دهنده‌های آن کوتاه کند
تا حدی با ژن ها همپوشانی دارند. دوم، جایی که پایان دهنده "شروع می شود"
به خوبی تعریف نشده است این فیلد فقط برای بررسی سلامت عقل در نظر گرفته شده است
(نابود کننده های گزارش شده که در نزدیکی انتهای ژن ها بهترین هستند، نباید باشد
خیلی دور از انتهای ژن).

استفاده كردن TRANSTERM بدون ژنوم حاشیه نویسی
TransTermHP از اطلاعات ژن شناخته شده فقط برای 3 چیز استفاده می کند: (1) برچسب زدن به فرضیه
پایان دهنده ها به عنوان "در داخل ژن" یا "بین ژن"، (2) انتخاب پس زمینه GC-
درصد محتوا برای محاسبه امتیازات، زیرا ژن ها اغلب محتوای GC متفاوتی دارند
نسبت به مناطق بین ژنی، و (3) خروجی کمی خواناتر تولید می کند. موارد (1)
و (3) واقعاً ضروری نیستند و (2) اگر ژن‌های شما تقریباً مشابه باشند تأثیری ندارد
محتوای GC به عنوان مناطق بین ژنی شما.

متأسفانه، TransTermHP هنوز یک گزینه ساده برای اجرای بدون حاشیه نویسی ندارد
فایل (یا ptt. یا .coords)، و برای وجود حداقل ۲ ژن نیاز دارد. راه حل
ایجاد ژن های جعلی و کوچکی است که در کنار هر کروموزوم قرار دارند. برای این کار یک fake.coords بسازید
فایلی که فقط شامل این دو خط است:

fakegene1 1 2 chome_id
fakegene2 L-1 L chrom_id

که در آن L طول دنباله ورودی و L-1 1 کمتر از طول ورودی است
توالی. "chrom_id" باید کلمه ای باشد که مستقیماً پس از ">" در فایل fasta
حاوی دنباله شما (اگر، برای مثال، فایل .fasta شما با ">seq1" شروع شد، پس
chrom_id = seq1).

این یک حاشیه نویسی "جعلی" با دو ژن 1 پایه ای ایجاد می کند که در کنار توالی در یک
آرایش دم به دم: --> <--. TransTermHP سپس می تواند با:

transterm -p exterm.dat sequence.fasta fake.coords

اگر محتوای G/C نواحی بین ژنی شما تقریباً با ژن های شما یکسان است، پس این است
تاثیر زیادی روی امتیازات دریافتی پایان‌دهنده نخواهد داشت. از سوی دیگر،
این استفاده از TransTermHP اصلاً آزمایش نشده است، بنابراین تضمین آن سخت است
دقت.

از 2ndscore آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید