این دستور autodock4 است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
autodock - اتصال لیگاندهای شیمیایی به گیرنده های پروتئینی
خلاصه
autodock4 [گزینه های]
شرح
AutoDock اتصال خودکار ترکیبات شیمیایی به پروتئین ها را انجام می دهد، یعنی پیش بینی می کند.
چگونه مولکول های کوچک، مانند سوبستراها یا داروها، به گیرنده های سه بعدی شناخته شده متصل می شوند.
ساختار.
AutoDockSuite از دو برنامه اصلی تشکیل شده است که AutoDock اتصال آنها را انجام می دهد
لیگاند به مجموعه ای از شبکه ها که پروتئین هدف را توصیف می کند و AutoGrid از قبل محاسبه می کند
این شبکه ها
OPTIONS
-p parameter_filename
-l log_filename
-o از قالب قدیمی PDBQ استفاده کنید، q را در ستون های 55-61 شارژ کنید
-k اعداد باقیمانده اصلی را نگه دارید
-i بررسی سرصفحه را نادیده بگیرید
-t فایل PDBQ را برای بررسی پیچش ها تجزیه کنید، سپس متوقف کنید.
-c < command_file حالت فرمان، بر اساس فایل
-c | control_program حالت فرمان، توسط control_program
مثال
در دبیان، دایرکتوری /usr/share/doc/autodock نمونه هایی برای اجرا ارائه می دهد. به آن تغییر دهید
دایرکتوری و فایل های نقشه gzip شده را (به عنوان روت) باز کنید، سپس AutoDock را مطابق شکل اجرا کنید
زیر است:
gunzip *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
تفسیر نتایج توسط مجموعه AutoDockTools کمک می کند. لطفاً نیز بازرسی کنید
آموزش های ارائه شده به صورت آنلاین
با استفاده از خدمات onworks.net از autodock4 به صورت آنلاین استفاده کنید
