babel - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

هرج و مرج, obabel - مبدلی برای فایل های داده های شیمی و مدل سازی مولکولی

خلاصه

هرج و مرج [-H گزینه های کمک]
هرج و مرج [OPTIONS] [-i نوع ورودی] پرونده [-o نوع خروجی] مجموعه

obabel [-H گزینه های کمک]
obabel [OPTIONS] [-i نوع ورودی | -"SMILES-string"] پرونده [-o نوع خروجی] -O مجموعه

شرح

هرج و مرج یک برنامه چند پلتفرمی است که برای تبدیل بین بسیاری از فرمت های فایل مورد استفاده در طراحی شده است
مدل‌سازی مولکولی و شیمی محاسباتی و حوزه‌های مرتبط.

obabel و هرج و مرج کمی متفاوت هستند مورد اول به قرارداد معمولی یونیکس نزدیک تر است
برای برنامه های خط فرمان و انعطاف پذیرتر زمانی که کاربر نیاز به تعیین مقادیر پارامتر دارد
روی گزینه ها با هرج و مرج این فقط زمانی کار می کند که گزینه آخرین گزینه در خط باشد. با obabel
چنین محدودیتی اعمال نمی شود همچنین دارای یک میانبر برای وارد کردن رشته های SMILES است که
می توان به جای یک فایل ورودی استفاده کرد.

Open Babel همچنین یک ابزار برنامه نویس کامل برای توسعه نرم افزارهای شیمی است. برای
برای اطلاعات بیشتر، به باز کردن صفحات وب بابل مراجعه کنیدhttp://openbabel.org/>.

OPTIONS

اگر فقط فایل های ورودی و خروجی داده شود، Open Babel نوع فایل را از روی حدس می زند
پسوند نام فایل

-"SMILES-string"
رشته SMILES را وارد کنید و از آن به جای فایل ورودی استفاده کنید. رشته SMILES باید باشد
محصور در گیومه می توان از بیش از یک مورد استفاده کرد و عنوان مولکول را می توان استفاده کرد
در صورت درج شده در نقل قول گنجانده شده است.

-a گزینه های
گزینه های ورودی فرمت خاص دیدن -H فرمت-ID برای گزینه های مجاز توسط یک خاص
قالب

--addtotitle
متن را به عنوان مولکول فعلی اضافه کنید

--افزودن فرمول
فرمول مولکولی را بعد از عنوان مولکول فعلی اضافه کنید

-b تبدیل پیوندهای داتیو: به عنوان مثال، [N+]([O-])=O به N(=O)=O

-c مرکز مختصات اتمی در (0,0,0،XNUMX،XNUMX)

-C مولکول‌ها را در فایل اول با سایر مولکول‌های همنام ترکیب کنید

-e بعد از خطاها ادامه دهید

-d هیدروژن ها را حذف کنید

---سطح خطا 2
سطح خطاها و هشدارهای نمایش داده شده را فیلتر کنید:
1 = فقط خطاهای بحرانی
2 = شامل هشدارها نیز (پیش فرض)
3 = شامل پیام های اطلاعاتی نیز می شود
4 = شامل پیام های "گزارش حسابرسی" تغییرات داده ها
5 = شامل پیام های اشکال زدایی نیز می شود

-f # برای ورودی چندگانه، وارد کردن را با مولکول # به عنوان اولین ورودی شروع کنید

-F انواع اثر انگشت موجود را خروجی بگیرید

-h هیدروژن ها را اضافه کنید

-H اطلاعات استفاده از خروجی

-H فرمت-ID
اطلاعات قالب‌بندی خروجی و گزینه‌های قالب مشخص شده

-سالن
اطلاعات قالب‌بندی خروجی و گزینه‌ها برای همه فرمت‌ها

-من
فرمت ورودی را مشخص می کند، برای فرمت های موجود به زیر مراجعه کنید

-j

--پیوستن
همه مولکول های ورودی را به یک ورودی مولکول خروجی متصل کنید

-k ترجمه کلمات کلیدی مدلسازی شیمی محاسباتی (مانند GAMESS و Gaussian)

-m چندین فایل خروجی تولید کنید تا اجازه دهید:
- تقسیم یک فایل ورودی - هر مولکول را به صورت متوالی شماره گذاری کنید
فایل های خروجی
- تبدیل دسته ای - هر یک از چندین فایل ورودی را به یک فایل مشخص تبدیل کنید
فرمت خروجی

-l # برای ورودی چندگانه، واردات را با مولکول # به عنوان آخرین ورودی متوقف کنید

-o فرمت-ID
فرمت خروجی را مشخص می کند، برای فرمت های موجود به زیر مراجعه کنید

-O مجموعه
فایل خروجی را مشخص کنید. این گزینه برای obabel تنها.

-p هیدروژن های مناسب برای pH را اضافه کنید (از تبدیل ها در phmodel.txt استفاده کنید)

--ویژگی
افزودن یا جایگزینی یک ویژگی (به عنوان مثال، در یک فایل MDL SD)

-s هوشمند
فقط مولکول های مطابق با الگوی SMARTS مشخص شده را تبدیل کنید

--جداگانه، مجزا
قطعات جدا شده را در رکوردهای مولکولی جداگانه جدا کنید

-t همه فایل های ورودی یک مولکول واحد را توصیف می کنند

--عنوان عنوان
عنوان مولکولی را اضافه یا جایگزین کنید

-x گزینه های
گزینه های خروجی فرمت خاص دیدن -H فرمت-ID برای گزینه های مجاز توسط یک خاص
قالب

-v هوشمند
فقط مولکول ها را تبدیل کنید نه مطابق با الگوی SMARTS مشخص شده است

-V شماره نسخه خروجی و خروج

-z خروجی را با gzip فشرده کنید

فایل فرمها

فرمت های زیر در حال حاضر توسط Open Babel پشتیبانی می شوند:
acr -- کریستال کارین ASCI
alc -- قالب کیمیاگری
arc -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II فرمت CAR [فقط خواندنی]
bgf -- فرمت MSI BGF
جعبه -- فرمت Dock 3.5 Box
bs -- فرمت توپ و چوب
c3d1 -- فرمت Chem3D دکارتی 1
c3d2 -- فرمت Chem3D دکارتی 2
caccrt -- قالب دکارتی کاکائویی
حافظه پنهان -- فرمت Cache MolStruct [فقط برای نوشتن]
cacint -- قالب داخلی Cacao [فقط برای نوشتن]
می تواند -- قالب متعارف SMILES
ماشین -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II فرمت CAR [فقط خواندنی]
ccc -- فرمت CCC [فقط خواندنی]
cdx -- فرمت باینری ChemDraw [فقط خواندنی]
cdxml -- فرمت ChemDraw CDXML
cht -- قالب Chemtool [فقط برای نوشتن]
cif -- فایل اطلاعات کریستالوگرافی
cml -- زبان نشانه گذاری شیمیایی
cmlr -- فرمت واکنش CML
com -- ورودی دکارتی Gaussian 98/03 [فقط برای نوشتن]
کپی -- متن خام را کپی می کند [فقط برای نوشتن]
crk2d -- فرمت نمودار 2 بعدی کیت منابع شیمیایی
crk3d -- فرمت کیت منابع شیمیایی 3 بعدی
csr -- قالب Accelrys/MSI Quanta CSR [فقط برای نوشتن]
cssr -- فرمت CSD CSSR [فقط برای نوشتن]
ct -- فرمت جدول اتصال ChemDraw
dmol -- فرمت مختصات DMol3
ent -- فرمت بانک داده پروتئین
fa -- فرمت FASTA [فقط برای نوشتن]
fasta -- فرمت FASTA [فقط برای نوشتن]
fch -- فرمت فایل ایست بازرسی با فرمت گاوسی [فقط خواندنی]
fchk -- فرمت فایل ایست بازرسی با فرمت گاوسی [فقط خواندنی]
fck -- فرمت فایل ایست بازرسی با فرمت گاوسی [فقط خواندنی]
feat -- فرمت ویژگی
fh -- فرمت Fenske-Hall Z-Matrix [فقط برای نوشتن]
رفع -- فرمت SMILES FIX [فقط نوشتاری]
fpt -- قالب اثر انگشت [فقط برای نوشتن]
fract -- فرمت رایگان فرمت کسری
fs -- پایگاه داده Babel FastSearching را باز کنید
fsa -- فرمت FASTA [فقط برای نوشتن]
g03 -- خروجی Gaussian 98/03 [فقط خواندنی]
g98 -- خروجی Gaussian 98/03 [فقط خواندنی]
گام -- خروجی GAMESS [فقط خواندنی]
gamin -- ورودی GAMESS [فقط برای نوشتن]
gamout -- خروجی GAMESS [فقط خواندنی]
gau -- ورودی دکارتی گاوسی 98/03 [فقط برای نوشتن]
gjc -- ورودی دکارتی گاوسی 98/03 [فقط برای نوشتن]
gjf -- ورودی دکارتی Gaussian 98/03 [فقط برای نوشتن]
gpr -- فرمت Ghemical
gr96 -- فرمت GROMOS96 [فقط نوشتاری]
hin -- فرمت HyperChem HIN
اینچی -- IUPAC InChI [فقط برای نوشتن]
inp -- ورودی GAMESS [فقط برای نوشتن]
ins -- فرمت ShelX [فقط خواندنی]
jin -- قالب ورودی جگوار [فقط برای نوشتن]
jout -- فرمت خروجی جگوار [فقط خواندنی]
فرمت mdl -- MDL MOL
mmd -- فرمت MacroModel
mmod -- فرمت MacroModel
مول -- فرمت MDL MOL
mol2 -- فرمت Sybyl Mol2
molreport -- باز کردن گزارش مولکول Babel [فقط برای نوشتن]
moo -- فرمت خروجی MOPAC [فقط خواندنی]
mop -- فرمت دکارتی MOPAC
mopcrt -- فرمت دکارتی MOPAC
mopin -- MOPAC داخلی
mopout -- فرمت خروجی MOPAC [فقط خواندنی]
mpc -- فرمت دکارتی MOPAC
mpd -- فرمت توصیفگر Sybyl [فقط برای نوشتن]
mpqc -- فرمت خروجی MPQC [فقط خواندنی]
mpqcin -- فرمت ورودی ساده شده MPQC [فقط برای نوشتن]
nw -- قالب ورودی NWChem [فقط برای نوشتن]
nwo -- فرمت خروجی NWChem [فقط خواندنی]
pc -- قالب PubChem [فقط خواندنی]
pcm -- فرمت PCModel
pdb -- فرمت بانک داده پروتئین
pov -- فرمت ورودی POV-Ray [فقط برای نوشتن]
pqs -- فرمت راه حل های کوانتومی موازی
آماده سازی -- فرمت آمبر آماده [فقط خواندنی]
qcin -- فرمت ورودی Q-Chem [فقط برای نوشتن]
qcout -- فرمت خروجی Q-Chem [فقط خواندنی]
گزارش -- باز کردن قالب گزارش بابل [فقط نوشتاری]
res -- فرمت ShelX [فقط خواندنی]
rxn -- فرمت MDL RXN
sd -- فرمت MDL MOL
sdf -- فرمت MDL MOL
فرمت smi -- SMILES
sy2 -- فرمت Sybyl Mol2
tdd -- فرمت ترمو
تست -- قالب تست [فقط نوشتاری]
therm -- فرمت ترمو
tmol -- فرمت مختصات TurboMole
txyz -- فرمت Tinker MM2 [فقط برای نوشتن]
unixyz -- فرمت UniChem XYZ
vmol -- فرمت ViewMol
xed -- فرمت XED [فقط برای نوشتن]
xml -- قالب کلی XML [فقط خواندنی]
xyz -- فرمت مختصات دکارتی XYZ
yob -- YASARA.org فرمت YOB
zin -- فرمت ورودی ZINDO [فقط برای نوشتن]

FORMAT OPTIONS

فرمت‌های فایل فردی ممکن است گزینه‌های قالب‌بندی اضافی داشته باشند.

گزینه های قالب ورودی قبل از "a" قرار می گیرند، به عنوان مثال -as

گزینه های فرمت خروجی قبل از "x" قرار می گیرند، به عنوان مثال -xn

برای اطلاعات بیشتر و گزینه ها، از -H استفاده کنید
به عنوان مثال، -Hcml

مثال ها

تبدیل استاندارد:
babel -ixyz ethanol.xyz -opdb ethanol.pdb
تبدیل از یک فایل SMI در STDIN به یک فایل Mol2 نوشته شده به STDOUT:
babel -ismi -omol2
یک فایل چند مولکولی را به new1.smi، new2.smi و غیره تقسیم کنید:
babel infile.mol new.smi -m

با استفاده از خدمات onworks.net به صورت آنلاین از babel استفاده کنید