این دستور bamtools است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
bamtools - جعبه ابزار برای دستکاری فایل های BAM (تراز ژنوم).
خلاصه
ابزار بام [--help] COMMAND [ARGS]
شرح
BamTools تجزیه و تحلیل تحقیقات و مدیریت داده ها را با استفاده از فایل های BAM تسهیل می کند. با آن کنار می آید
حجم عظیمی از داده‌های تولید شده توسط فناوری‌های توالی‌یابی فعلی که معمولاً می‌باشد
در قالب های فشرده و باینری ذخیره می شود که تجزیه کننده های مبتنی بر متن به راحتی قابل مدیریت نیستند
معمولا در تحقیقات بیوانفورماتیک استفاده می شود.
OPTIONS
تبدیل
بین BAM و تعدادی فرمت دیگر تبدیل می کند
count تعداد ترازها را در فایل(های) BAM چاپ می کند
پوشش
آمار پوشش را از فایل BAM ورودی چاپ می کند
فیلتر کردن فایل(های) BAM بر اساس معیارهای مشخص شده توسط کاربر
header اطلاعات هدر BAM را چاپ می کند
index ایجاد نمایه برای فایل BAM
ادغام چندین فایل BAM در یک فایل
تصادفی ترازهای تصادفی را از فایل(های) BAM موجود انتخاب کنید، که بیشتر به عنوان آزمایش در نظر گرفته شده است
ابزار است.
تصمیم
خواندن های پایان جفت را حل می کند (در صورت لزوم پرچم IsProperPair را علامت گذاری می کند)
revert علائم تکراری را حذف می کند و کیفیت های پایه اصلی را بازیابی می کند
sort فایل BAM را بر اساس برخی معیارها مرتب می کند
split یک فایل BAM را در ویژگی مشخص شده توسط کاربر تقسیم می کند و یک فایل خروجی BAM جدید برای آن ایجاد می کند
هر مقدار یافت شده
stats برخی از آمارهای اولیه را از فایل(های) ورودی BAM چاپ می کند
برای اطلاعات بیشتر در مورد یک فرمان خاص به 'bamtools help COMMAND' مراجعه کنید.
با استفاده از خدمات onworks.net از bamtools به صورت آنلاین استفاده کنید
