این دستور bio-rainbow است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
Rainbow - صفحه راهنمای رنگین کمان 2.0.4 --[ایمیل محافظت شده], [ایمیل محافظت شده]>
خلاصه
رنگین کمان [گزینه های]
شرح
رنگین کمان 2.0.4 -- <[ایمیل محافظت شده], [ایمیل محافظت شده]>
خوشه
فرمت فایل ورودی: فایل(های) fasta/fastq جفت شده فرمت فایل خروجی:
\ t \ t \ t
-1 فایل fasta/fastq ورودی، از چندین '-1' پشتیبانی می کند
-2 فایل fasta/fastq ورودی، از چندین '-2' پشتیبانی می کند [null]
-l
طول خواندن، پیش فرض: 0 متغیر
-m
حداکثر عدم تطابق [4]
-e
آستانه دقیقاً مطابق [2000]
-L سطح پایین پلی مورفیسم
DIV
فرمت فایل ورودی: \ t \ t \ t خروجی
فرمت فایل:
\ t \ t \ t [\ t ]
-i فایل ورودی [stdin]
-o فایل خروجی [stdout]
-k
K_alele، حداقل انواع برای ایجاد یک گروه جدید [2]
-K
آلل K، بدون توجه به فرکانس تقسیم کنید که تعداد متغیرها از این مقدار بیشتر شود
[50]
-f
فرکانس، فرکانس حداقل متغیر برای ایجاد یک گروه جدید [0.2]
ادغام کردن
فرمت فایل ورودی:
\ t \ t \ t [\ t ]
-i فایل خروجی rbasm را وارد کنید [stdin]
-a مونتاژ خروجی
-o فایل خروجی برای contigs ادغام شده، یک خط در هر خوشه [stdout]
-N
حداکثر تعداد خوشه های تقسیم شده برای ادغام [300]
-l
حداقل همپوشانی هنگام جمع آوری دو قرائت (فقط زمانی معتبر است که '-a' باز شود) [5]
-f
حداقل کسری از شباهت هنگام اسمبلی (فقط زمانی معتبر است که '-a' باز شود)
[0.90]
-r
حداقل تعداد خوانده شده برای جمع آوری (فقط زمانی معتبر است که '-a' باز شود) [5]
-R
حداکثر تعداد خوانده شده برای جمع آوری (فقط زمانی معتبر است که '-a' باز شود) [300]
کاربرد: رنگین کمان [گزینه ها]
خوشه
فرمت فایل ورودی: فایل(های) fasta/fastq جفت شده فرمت فایل خروجی:
\ t \ t \ t
-1 فایل fasta/fastq ورودی، از چندین '-1' پشتیبانی می کند
-2 فایل fasta/fastq ورودی، از چندین '-2' پشتیبانی می کند [null]
-l
طول خواندن، پیش فرض: 0 متغیر
-m
حداکثر عدم تطابق [4]
-e
آستانه دقیقاً مطابق [2000]
-L سطح پایین پلی مورفیسم
DIV
فرمت فایل ورودی: \ t \ t \ t خروجی
فرمت فایل:
\ t \ t \ t [\ t ]
-i فایل ورودی [stdin]
-o فایل خروجی [stdout]
-k
K_alele، حداقل انواع برای ایجاد یک گروه جدید [2]
-K
آلل K، بدون توجه به فرکانس تقسیم کنید که تعداد متغیرها از این مقدار بیشتر شود
[50]
-f
فرکانس، فرکانس حداقل متغیر برای ایجاد یک گروه جدید [0.2]
ادغام کردن
فرمت فایل ورودی:
\ t \ t \ t [\ t ]
-i فایل خروجی rbasm را وارد کنید [stdin]
-a مونتاژ خروجی
-o فایل خروجی برای contigs ادغام شده، یک خط در هر خوشه [stdout]
-N
حداکثر تعداد خوشه های تقسیم شده برای ادغام [300]
-l
حداقل همپوشانی هنگام جمع آوری دو قرائت (فقط زمانی معتبر است که '-a' باز شود) [5]
-f
حداقل کسری از شباهت هنگام اسمبلی (فقط زمانی معتبر است که '-a' باز شود)
[0.90]
-r
حداقل تعداد خوانده شده برای جمع آوری (فقط زمانی معتبر است که '-a' باز شود) [5]
-R
حداکثر تعداد خوانده شده برای جمع آوری (فقط زمانی معتبر است که '-a' باز شود) [300]
با استفاده از خدمات onworks.net به صورت آنلاین از bio-rainbow استفاده کنید
