این دستور bp_papplmaker.plp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
papplmaker.PLS - سازنده ماژول ابزارهای تجزیه و تحلیل
خلاصه
# کمک بگیر
papplmaker.PLS -h
# تولید ماژول برای برنامه 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit.seqret
# همینطور، اما مشخص کنید کجا باید "seqret" پیدا شود
papplmaker.PLS -n ویرایش::seqret
-l http://localhost:8080/axis/services
# همینطور، اما یک روش دسترسی غیرپیش‌فرض به «seqret» مشخص کنید
papplmaker.PLS -n ویرایش::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-a corba
# ماژول ها را برای همه تحلیل های موجود تولید کنید
# (با استفاده از مکان پیش‌فرض و روش دسترسی پیش‌فرض)
papplmaker.PLS
# تولید نکنید اما ببینید چه چیزی تولید می شود
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S
# تولید ماژول برای تجزیه و تحلیل 'edit::seqret'
# اما نام آن را "MySeqret" بگذارید
papplmaker.PLS -n ویرایش::seqret -m MySeqret
# ... و از آن استفاده کنید
از MySeqret استفاده کنید.
چاپ جدید MySeqret->sequence_direct_data ('tatatacccgt')
->osformat ('embl')
->wait_for
-> outseq;
# همینطور اما نتیجه را در پوشه '/tmp/my' قرار دهید
# (دایرکتوری ها نیازی به وجود ندارند)
papplmaker.PLS -n ویرایش::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/
# ماژول هایی را برای همه تحلیل هایی که نام آنها تولید می شود
# منطبق با عبارت منظم (بدون حساس به حروف بزرگ)
papplmaker.PLS -r 'ویرایش'
# همینطور، اما ماژول تولید شده را با نام های خود نام گذاری کنید
# (اجازه دادن به papplmaker.PLS جایگزین بخش هایی از نام شما)
papplmaker.PLS -r 'edit' -m 'My_$ANALYSIS'
شرح
ماژول "Bio::Tools::Run::Analysis" دسترسی به تجزیه و تحلیل محلی و از راه دور را فراهم می کند.
ابزارها به صورت یکپارچه (تعریف شده در "Bio::AnalysisI"). ماژول از رویکرد کلی استفاده می کند
امکان تنظیم داده های ورودی دلخواه و بازیابی نتایج با نامگذاری آنها. با این حال،
گاهی اوقات استفاده از یک ماژول خاص راحت تر است، که نشان دهنده یک ابزار تجزیه و تحلیل است،
که از قبل از نام ورودی و نتایج موجود مطلع است.
ژنراتور "papplmaker.PLS" چنین ماژول های اختصاصی را ایجاد می کند.
"papplmaker.PLS" از روش دسترسی مشابه ماژول عمومی استفاده می کند - که به این معنی است
بسته به پارامتر "دسترسی" می تواند از SOAP، CORBA یا هر چیز دیگری (پشتیبانی شده) استفاده کند.
پروتکل، یا می تواند به تجزیه و تحلیل محلی دسترسی داشته باشد (در همان ماشینی که در آن موجود است
"papplmaker.PLS" فراخوانی می شود).
"papplmaker.PLS" کار خود را برای یک تجزیه و تحلیل با نام انجام می دهد (که توسط گزینه "-n" مشخص شده است،
یا از ماژول "Bio::Tools::Run::AnalysisFactory" استفاده می کند تا بفهمد چه تحلیل هایی هستند.
موجود است، و می تواند تعداد آنها را با تطبیق با یک عبارت منظم ارائه شده توسط محدود کند
گزینه "-r".
ماژول یا ماژول های تولید شده به طور پیش فرض مشابه با نام های نامگذاری شده اند
تجزیه و تحلیل های مربوطه، اما این را می توان با گزینه "-m" که در واقع a است تغییر داد
الگویی که در آن رشته های زیر شناسایی و جایگزین می شوند:
$ANALYSIS یا ${ANALYSIS}
با نام آنالیز جایگزین می شود.
$CATEGORY یا ${CATEGORY}
نام دسته ای که آنالیز به آن تعلق دارد جایگزین می شود.
$SERVICE یا ${SERVICE}
با نام کامل سرویس (که معمولاً یک الحاق است) جایگزین می شود
از یک دسته و یک نام تجزیه و تحلیل، و همچنین به عنوان نام ماژول پیش فرض، btw استفاده می شود.
تفاوت بین «سرویس» و «تحلیل» چیست و «رده» به چه معناست؟
گاهی اوقات ممکن است این اصطلاحات گیج کننده باشند زیرا ممکن است به معنای چیزهای کمی متفاوت باشند
بسته به روش دسترسی مورد استفاده برای برقراری ارتباط با آنها. به طور کلی، یک "تحلیل" است
یک برنامه (یک برنامه، یک ابزار) که در جایی اجرا می شود، اما گاهی اوقات روی یک ماشین محلی. یک
نمونه ای از تجزیه و تحلیل "seqret" (از بسته EMBOSS) است. تحلیل ها را می توان گروه بندی کرد
با توجه به عملکردها یا نوع داده هایی که با آنها سروکار دارند به دسته بندی ها تقسیم می شوند (اما گاهی اوقات وجود دارد
اصلا دسته بندی نیستند). هر تجزیه و تحلیل را می توان با استفاده از سطح بالاتری از
انتزاع، یک «خدمت». یک سرویس معمولاً یک بسته بندی وابسته به پروتکل است، مانند وب
خدمات یا یک سرویس CORBA. به عنوان مثال یک سرویس "edit::seqret" وجود دارد که
تجزیه و تحلیل "seqret" را در دسته "ویرایش" نشان می دهد.
بازخورد
پستی لیست
بازخورد کاربر بخشی جدایی ناپذیر از تکامل این ماژول و سایر ماژول های Bioperl است. ارسال
نظرات و پیشنهادات شما ترجیحا به لیست پستی Bioperl. مشارکت شما
بسیار قابل تقدیر است.
[ایمیل محافظت شده] - بحث عمومی
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - در مورد لیست های پستی
گزارش اشکالات
اشکالات را به سیستم ردیابی اشکال Bioperl گزارش دهید تا به ما در پیگیری اشکالات و آنها کمک کند
وضوح. گزارش اشکال را می توان از طریق وب ارسال کرد:
http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
با استفاده از خدمات onworks.net از bp_papplmaker.plp به صورت آنلاین استفاده کنید
