bp_seqfeature_loadp - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

bp_seqfeature_load.pl - بارگذاری GFF در پایگاه داده SeqFeature

شرح

هر تعداد فایل با فرمت GFF یا fasta (یا GFF با fasta تعبیه شده) را برای بارگیری ارسال کنید
ویژگی ها و توالی ها در پایگاه داده SeqFeature. پایگاه داده (و آداپتور) برای استفاده است
در خط فرمان مشخص شده است. از پرچم --create برای ایجاد پایگاه داده SeqFeature جدید استفاده کنید.

خلاصه

bp_seqfeature_load.pl [گزینه‌ها] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

برای اطلاعات بیشتر «bp_seqfeature_load.pl --help» یا «--man» را امتحان کنید.

OPTIONS

-d، --dsn
منبع داده DBI (پیش‌فرض dbi:mysql:test)

-n، - فضای نام
پیشوند جدول برای استفاده (پیش‌فرض undef) به چندین ویژگی توالی مستقل اجازه می‌دهد
پایگاه های داده در یک پایگاه داده ذخیره می شود

-s، --seqfeature
نوع SeqFeature برای ایجاد... RTSC (بیو پیش فرض::DB::SeqFeature)

-a، --آداپتور
آداپتور ذخیره سازی (کلاس) برای استفاده (DBI پیش فرض::mysql)

-v، -- پرحرف
گزارش پیشرفت کامل را روشن کنید (پیش‌فرض درست است) از --noverbose برای خاموش کردن آن استفاده کنید.

-f، --سریع
فعال کردن بارگذاری سریع (پیش‌فرض 0) فقط برای برخی از آداپتورها موجود است.

-T، --موقت-دایرکتوری
دایرکتوری موقت را برای بارگیری سریع مشخص کنید (فایل پیش فرض::Spec->tmpdir())

-i، --نادیده گرفتن-seqregion
اگر درست است، دستورات ##sequence-region را در فایل GFF3 نادیده بگیرید (به طور پیش فرض، یک
ویژگی برای هر منطقه)

-c، --ایجاد
پایگاه داده را ایجاد کنید و آن را مجدداً مقداردهی کنید (پیش فرض نادرست) توجه داشته باشید، این کار قبلی را پاک می کند
محتویات پایگاه داده، در صورت وجود.

-u، --user
کاربر برای اتصال به پایگاه داده به عنوان

-p، --password
رمز عبور برای اتصال به پایگاه داده

-z، --zip
فشرده سازی جداول پایگاه داده برای صرفه جویی در فضا (نادرست پیش فرض)

-S، --subfeatures
فهرست کردن ویژگی‌های فرعی را روشن کنید (پیش‌فرض درست است) از --nosubfeatures برای خاموش کردن آن استفاده کنید.

--خلاصه
ایجاد آمار خلاصه برای نمودارهای پوشش (پیش فرض نادرست) این می تواند بر روی a اجرا شود
پایگاه داده قبلا بارگذاری شده یا در حین بارگذاری. اگر --create باشد به طور پیش فرض true خواهد بود
استفاده شده.

-N، --خلاصه
برای صرفه جویی در فضا و زمان بارگذاری، آمار خلاصه ای تولید نکنید (اگر به طور پیش فرض
--create مشخص نشده است، از این گزینه برای خاموش کردن صریح آمار خلاصه استفاده کنید
زمانی که --create مشخص شده است)

--noalias-target
یک ویژگی مستعار ایجاد نکنید که مقدار آن target_id در یک ویژگی Target باشد (اگر
این ویژگی حاوی یک ویژگی Target است، پیش فرض ایجاد یک ویژگی مستعار است
که مقدار آن target_id در ویژگی Target است)

لطفا http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml برای اطلاعات در مورد GFF3
قالب BioPerl با افزودن یک دستورالعمل ##index-subfeatures فرمت را کمی گسترش می دهد. تنظیم
اگر می خواهید پایگاه داده قادر به بازیابی یک ویژگی باشد، این مقدار واقعی است
بخش های جداگانه (مانند اگزون های رونوشت) مستقل از سطح بالایی
ویژگی ها:

##شاخص‌های فرعی 1

همچنین امکان کنترل نمایه سازی زیر ویژگی ها به صورت موردی توسط
افزودن "index=1" یا "index=0" به لیست ویژگی های ویژگی. این فقط باید استفاده شود
برای ویژگی های فرعی

نمایه سازی ویژگی های فرعی به طور پیش فرض درست است. برای صرفه جویی در فضای پایگاه داده، روی false (0) تنظیم کنید
و سرعت عملکرد می توانید از --nosubfeatures برای اجبار استفاده کنید.

با استفاده از خدمات onworks.net از bp_seqfeature_loadp به صورت آنلاین استفاده کنید