این دستور bp_sreformatp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
bpsreformat - تبدیل فرمت های دنباله ای
شرح
این اسکریپت از سیستم SeqIO استفاده می کند که امکان تبدیل فرمت های دنباله را نیز فراهم می کند
داده های توالی یا داده های تراز چند توالی. نام از این واقعیت گرفته شده است که شان
sreformat برنامه Eddy (بخشی از HMMER pkg) قبلاً این کار را انجام می دهد. برنامه شان تلاش می کند
برای حدس زدن فرمت های ورودی در حالی که در کد ما در حال حاضر از شما می خواهیم که چه چیزی را مشخص کنید
فرمت های ورودی و خروجی هستند و اگر داده ها از یک تراز چند دنباله یا از
فایل های توالی مستقیم
طریقه استفاده:
bpsreformat -if INFORMAT -of OUTFORMAT -i FILENAME -o output.FORMAT
-h/--help این راهنما را چاپ کنید
-if/--informat فرمت ورودی را مشخص کنید
-of/--outformat فرمت خروجی را مشخص کنید
-i/--input نام فایل ورودی را مشخص کنید
(برای انتقال داده در STDIN از علامت منهای به عنوان نام فایل استفاده کنید)
-o/--output نام فایل خروجی را مشخص کنید
(برای ارسال اطلاعات در STDOUT از علامت منهای به عنوان نام فایل استفاده کنید)
--msa مشخص کنید که این داده های تراز چند دنباله است
--special پارامترهای خاصی را به AlignIO/SeqIO منتقل می کند
شی -- بیشتر آنها برای اشیاء Bio::AlignIO هستند
لیست موارد زیر با کاما جدا شده است
nointerleaved -- برای فرمت phylip، non-interleaved
idlinebreak - برای phylip، آن را به فرمت molphy تبدیل می کند
درصد -- برای clustalw، % id را در هر خط نشان دهید
از bp_sreformatp به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
