cgview - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

cgview - نمایشگر ژنوم دایره ای

خلاصه

cgview [گزینه ها] ...

شرح

CGView یک بسته جاوا برای تولید نقشه های با کیفیت بالا و قابل زوم از ژنوم های دایره ای است.
هدف اصلی آن این است که به عنوان یک جزء از خطوط لوله حاشیه نویسی توالی، به عنوان یک
ابزاری برای تولید خروجی بصری مناسب برای وب. اطلاعات ویژگی و رندر
گزینه ها با استفاده از یک فایل XML، یک فایل جدا شده از برگه، یا یک NCBI به برنامه ارائه می شوند.
فایل ptt CGView ورودی را به یک نقشه گرافیکی (PNG، JPG یا بردار مقیاس پذیر) تبدیل می کند.
فرمت گرافیکی)، با برچسب‌ها، عنوان، افسانه‌ها و پاورقی‌ها کامل می‌شود. بعلاوه
پیش فرض نقشه نمای کامل، برنامه می تواند یک سری از نقشه های پیوندی را ایجاد کند که نشان می دهد
نماهای گسترش یافته نقشه های پیوند داده شده را می توان با استفاده از هر مرورگر وب کاوش کرد و به سرعت امکان پذیر است
مرور ژنوم و تسهیل به اشتراک گذاری داده ها. برچسب های ویژگی در نقشه ها می تواند باشد
پیوند به منابع خارجی، اجازه می دهد تا نقشه های CGView با وب موجود یکپارچه شوند
محتوای سایت یا پایگاه داده

OPTIONS

-A اندازه قلم برچسب را مشخص می کند.

-c پایه ای را مشخص می کند که هنگام بزرگنمایی روی آن متمرکز شود.

-D اندازه فونت افسانه ای را مشخص می کند.

-d تراکم کنه را بین 0 و 1.0 مشخص می کند. پیش فرض 1.0 است.

-E اینکه آیا متن مبتنی بر برداری در خروجی SVG تعبیه شود یا نه.

-e خروجی SVG از سری تصاویر حذف شود یا خیر.

-f فرمت خروجی: PNG، JPG، SVG یا SVGZ.

-h فایل HTML برای ایجاد.

-H ارتفاع نقشه

-i فایل ورودی برای تجزیه.

-I آیا باید برچسب ها را در داخل دایره ستون فقرات بکشید یا نه.

-L عرض یک افسانه خارجی.

-o فایل تصویری برای ایجاد

-p مسیر فایل تصویری در فایل HTML ایجاد شده با استفاده از -h گزینه.

-r اینکه آیا افسانه ها حذف شوند یا نه.

-R آیا باید برچسب ها را حذف کرد یا نه.

-s دایرکتوری برای دریافت یک سری تصویر.

-S اینکه آیا به شیوه نامه خارجی در خروجی HTML ارجاع داده شود یا نه.

-u اینکه در خروجی HTML به overlib.js ارجاع داده شود یا نه.

-U اندازه قلم خط کش توالی را مشخص می کند.

-W عرض نقشه

-x مقادیر بزرگنمایی با کاما برای سری های تصویر.

-z عامل بزرگنمایی

مثال ها

cgview -f PNG -i cybercell.xml -o my_picture.png -h view_image.html

cgview -i cybercell.xml -s directory_for_series -e درست

با استفاده از خدمات onworks.net از cgview آنلاین استفاده کنید