این دستور cmfetch است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
cmfetch - مدل(های) کوواریانس را از یک فایل بازیابی کنید
خلاصه
cmfetch [گزینه ها]
(CM نامگذاری شده را بازیابی می کند )
cmfetch -f [گزینه ها]
(همه CM های فهرست شده در را بازیابی می کند )
cmfetch --فهرست مطالب [گزینه ها]
(شاخص ها برای واکشی)
شرح
یک یا چند CM را از یک بازیابی می کند (به عنوان مثال یک پایگاه داده بزرگ Rfam).
برای فعال کردن بازیابی بسیار سریع، ایندکس کنید اول، با استفاده از cmfetch --فهرست مطالب. شاخص
یک فایل باینری به نام است .ssi.
حالت پیش‌فرض بازیابی یک CM با نام یا دسترسی است که به نام the . برای
مثال:
% cmfetch Rfam.cm tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005
با -f گزینه ، الف به جای آن، فهرستی از یک یا چند کلید خوانده می شود.
اولین فیلد محدود شده با فضای خالی در هر خط بدون نظر غیر خالی از
به عنوان یک مورد استفاده قرار می گیرد ، و هر گونه داده باقی مانده در خط نادیده گرفته می شود. این امکان تنوع را فراهم می کند
از فایل های داده محدود شده با فضای خالی برای استفاده به عنوان س
هنگام استفاده از -f و یک ، if ایندکس شده است، کلیدها در بازیابی می شوند
ترتیب آنها در رخ می دهد ، اما اگر ایندکس نمی شود، کلیدها در بازیابی می شوند
ترتیب آنها در رخ می دهد . این یک عارضه جانبی از اجرای است که
اجازه می دهد تا کلیدهای متعدد بازیابی شوند حتی اگر یک جریان غیرقابل بازگشت است، مانند
یک لوله ورودی استاندارد
در استفاده معمولی (بدون --فهرست مطالب or -f گزینه ها)، ممکن است '-' (خط تیره)، که به معنی
خواندن ورودی از stdin به جای یک فایل با --فهرست مطالب گزینه، ممکن است نباشد
'-'; ایندکس کردن یک جریان ورودی استاندارد منطقی نیست. با -f گزینه، یا
or (اما نه هر دو) ممکن است '-' باشد. اغلب خواندن آن بسیار مفید است
از ورودی استاندارد، زیرا این امکان استفاده از خط فرمان دلخواه را فراهم می کند
فراخوانی برای ایجاد لیستی از نام‌های CM یا پیوست‌ها، و سپس واکشی همه آنها به یک فایل جدید،
فقط با یک دستور
به طور پیش فرض، CM در خروجی استاندارد با فرمت Infernal-1.1 چاپ می شود.
OPTIONS
-h کمک؛ یک یادآوری مختصر از استفاده از خط فرمان و همه گزینه های موجود چاپ کنید.
-f دومین آرگومان خط فرمان a است به جای تک . La
اولین فیلد در هر خط از به عنوان بازیابی استفاده می شود (نام CM
یا الحاق). خطوط خالی و خطوط نظر (که با کاراکتر # شروع می شوند) هستند
نادیده گرفته شد
-o خروجی CM(های) به فایل به جای خروجی استاندارد
-O خروجی CM(های) به فایل(های) فردی با نام به جای خروجی استاندارد با
-f گزینه، این می تواند منجر به ایجاد بسیاری از فایل ها شود.
--فهرست مطالب
به جای بازیابی یک یا چند نمایه از ، نمایه سازی برای
بازیابی های آینده این باعث ایجاد یک .ssi فایل فهرست دودویی
با استفاده از خدمات onworks.net از cmfetch آنلاین استفاده کنید
