این ترکیب دستوری است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
compalign - دو تراز چندگانه را مقایسه کنید
خلاصه
هماهنگ کردن [-گزینه ها]
شرح
هماهنگ کردن "هویت" کسری را بین تراز مورد اعتماد و آزمون محاسبه می کند
هم ترازی. دو فایل باید دقیقاً دارای توالی یکسان و دقیقاً مشابه باشند
سفارش.
هویت ترازهای توالی چندگانه به عنوان هویت میانگین شده تعریف می شود
همه ترازهای زوجی N(N-1)/2.
هویت کسری دو مجموعه از ترازهای زوجی به نوبه خود به صورت زیر تعریف می شود
(برای توالی های شناخته شده تراز شده k1 و k2، و توالی های آزمایشی هم تراز t1 و t2):
ستون‌های همسان / کل ستون‌ها
جایی که کل ستون ها = تعداد کل ستون هایی که در آنها وجود دارد
نماد معتبر (nongap) در k1 یا k2.
ستون های همسان = تعداد ستون هایی که در آنها یکی از
زیر درست است:
k1 و k2 هر دو دارای نمادهای معتبر در یک ستون معین هستند. t1 و t2
نمادهای مشابهی در یک ستون از t1/t2 تراز شده باشند
هم ترازی؛
k1 دارای نمادی است که با یک شکاف در k2 تراز شده است. آن نماد در t1 است
همچنین با یک شکاف تراز شده است.
k2 دارای نمادی است که با یک شکاف در k1 تراز شده است. آن نماد در t2 است
همچنین به یک شکاف تراز شده است.
از آنجایی که امتیازات برای همه جفت‌های ممکن محاسبه می‌شود، الگوریتم به ترتیب (N^2)L برای
N دنباله با طول L. مجموعه های توالی بزرگ مدتی طول می کشد.
OPTIONS
گزینه های موجود:
-h راهنمای کوتاه و اطلاعات استفاده را چاپ کنید.
-c فقط با علامت #=CS ساختار اجماع مقایسه کنید.
-- اطلاعات
مشخص کنید که هر دو تراز در قالب هستند (مثلاً MSF).
--ساکت
هدر پرمخاطب را سرکوب کنید (در تست رگرسیون استفاده می شود).
با استفاده از خدمات onworks.net از compalign آنلاین استفاده کنید
