این دستور cpgplote است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
cpgplot - جزایر CpG را در توالی(های) نوکلئوتیدی شناسایی و رسم کنید
خلاصه
cpgplot -توالی seqall پیشرو عدد صحیح -مینلن عدد صحیح -مینو شناور -minpc شناور
-outfile مجموعه -طرح تغییر وضعیت -گراف Xygraph -obsexp بولی -cg بولی
-pc بولی شکست شاهکار
cpgplot -کمک
شرح
cpgplot یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "Nucleic:CpG Islands" است.
OPTIONS
ورودی بخش
-توالی seqall
ضروری بخش
پیشرو عدد صحیح
درصد محتوای CG و فراوانی مشاهده شده CG در a محاسبه می شود
پنجره ای که اندازه آن با این پارامتر تنظیم می شود. پنجره به ترتیب به پایین منتقل می شود و
این آمار در هر موقعیتی که پنجره به آن منتقل می شود محاسبه می شود. پیش فرض
ارزش: 100
-مینلن عدد صحیح
این حداقل طول جزیره CpG را قبل از گزارش شدن تعیین می کند.
مقدار پیش فرض: 200
-مینو شناور
این حداقل میانگین مشاهده شده به نسبت مورد انتظار C به اضافه G به CpG را در یک مجموعه تنظیم می کند
از 10 پنجره ای که قبل از گزارش یک جزیره CpG مورد نیاز است. مقدار پیش فرض: 0.6
-minpc شناور
این حداقل میانگین درصد G به علاوه C مجموعه ای از 10 پنجره را تنظیم می کند
قبل از گزارش یک جزیره CpG لازم است. مقدار پیش فرض: 50.
تولید بخش
-outfile مجموعه
این نام فایل حاوی گزارش نام توالی ورودی، CpG را تنظیم می کند
پارامترهای جزیره و جزئیات خروجی هر جزیره CpG یافت شده.
-طرح تغییر وضعیت
مقدار پیش فرض: Y
-گراف Xygraph
-obsexp بولی
اگر این مقدار درست تنظیم شود، نمودار نسبت مشاهده شده به مورد انتظار C به اضافه G به
CpG در یک پنجره نمایش داده می شود. مقدار پیش فرض: Y
-cg بولی
اگر این مقدار درست تنظیم شود، نمودار مناطقی که تعیین شده است
جزایر CpG نمایش داده می شود. مقدار پیش فرض: Y
-pc بولی
اگر روی درست تنظیم شود، نمودار درصد C به علاوه G در یک پنجره است
نمایش داده. مقدار پیش فرض: Y
شکست شاهکار
فایل برای ویژگی های خروجی
از cpgplote به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
