dcmstack - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

dcmstack - مبدل DICOM به NIfTI

شرح

استفاده: dcmstack [-h] [--خواندن اجباری] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-order VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--VECTOR_VAR-VAR] [--Time-order TIME_ORDER] [--Vector-order VECTOR_ORDER]
[-l] [--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR] [--extract-private] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regexes] [-v] [--strict] [--نسخه]
[src_dirs [src_dirs ...]]

فایل های DICOM را از هر دایرکتوری منبع در حجم های 2 بعدی تا 5 بعدی، به صورت اختیاری استخراج کنید
داده های متا

موقعیتی استدلال ها:
src_dirs
دایرکتوری های منبع حاوی فایل های DICOM.

اختیاری استدلال ها:
-h, --کمک
این پیام راهنما را نشان داده و خارج شوید

ورودی گزینه ها:
--زور خواندن
سعی کنید همه فایل‌ها را به‌عنوان DICOM بخوانید، حتی اگر مقدمه آن‌ها وجود ندارد.

--file-ext FILE_EXT
فقط خواندن فایل های با پسوند داده شده را امتحان کنید. پیش فرض: .dcm

--اجازه می دهد
به فایل‌های DICOM که داده‌های پیکسلی ندارند، اجازه دهید تا آن برش از خروجی را پر کند
nifti با حداکثر مقدار قابل نمایش.

تولید گزینه ها:
--dest-direct DEST_DIR
دایرکتوری مقصد، به طور پیش‌فرض به دایرکتوری منبع می‌رسد.

-o OUTPUT_NAME، خروجی-نام OUTPUT_NAME
رشته قالب پایتون که نام فایل های خروجی را بر اساس تگ های DICOM تعیین می کند.

--خروجی-بدون OUTPUT_EXT
پسوند برای نوع فایل خروجی. پیش فرض: .nii.gz

-d, -- dump-meta
داده های متا استخراج شده را در یک فایل JSON با همان نام پایه بریزید
نیفتی را تولید کرد

- embed-meta
داده های متا استخراج شده را در پسوند هدر Nifti (در قالب JSON) جاسازی کنید.

پشتهسازی گزینه های ارسال:
-g دسته بندی بر اساس، --دسته بندی بر اساس دسته بندی بر اساس
فهرستی از کلیدهای متا داده با کاما جدا شده برای گروه بندی فایل های ورودی در پشته ها.

--وکسل-ترتیب VOXEL_ORDER
وکسل ها را مرتب کنید تا شاخص های فضایی از این جهت ها در بیمار شروع شود
فضا. جهت ها در فضای بیمار باید به صورت یک کد سه کاراکتری ارائه شود:
(ل) سمت چپ، (ر) راست، (الف) قدامی، (ص) خلفی، (ها) برتر، (من) پایین. عبور از یک خالی
رشته جهت گیری مجدد را غیرفعال می کند. پیش فرض: LAS

-t TIME_VAR، --time-var TIME_VAR
کلمه کلیدی عنصر DICOM برای مرتب کردن پشته در امتداد بعد زمان استفاده می شود.

--vector-var VECTOR_VAR
کلمه کلیدی عنصر DICOM برای مرتب کردن پشته در امتداد بعد برداری.

--ترتیب زمانی ترتیب زمانی
یک فایل متنی با ترتیب دلخواه برای مقادیر (یکی در هر خط) ارائه دهید
ویژگی به عنوان متغیر زمان استفاده می شود. این گزینه به ندرت مورد نیاز است.

- ترتیب-بردار VECTOR_ORDER
یک فایل متنی با ترتیب دلخواه برای مقادیر (یکی در هر خط) ارائه دهید
ویژگی به عنوان متغیر برداری استفاده می شود. این گزینه به ندرت مورد نیاز است.

متا استخراج و فیلتر گزینه های ارسال:
-l, --فهرست-مترجمان
مترجم‌های فعال را فهرست کنید و از آن خارج شوید

- غیرفعال کردن-مترجم DISABLE_TRANSLATOR
مترجم ها را برای برچسب های ارائه شده غیرفعال کنید. برچسب ها باید در قالب ارائه شوند
"0x0_0x0". بیش از یک را می توان در لیست جدا شده با کاما داده شود. اگر کلمه "همه"
ارائه شده است، همه مترجمان غیرفعال خواهند شد.

-- استخراج-خصوصی
استخراج متا داده ها از عناصر خصوصی، حتی اگر مترجمی وجود نداشته باشد. اگر
مقدار عنصر حاوی بایت های غیر ascii است که همچنان نادیده گرفته می شود. در
داده های متا استخراج شده ممکن است همچنان توسط عبارات منظم فیلتر شوند.

-i INCLUDE_REGEX، --include-regex INCLUDE_REGEX
شامل هر متا داده ای که کلید با عبارت منظم ارائه شده مطابقت دارد. این
هر عبارت استثنایی را لغو خواهد کرد. برای تمام داده های متا اعمال می شود.

-e EXCLUDE_REGEX، --exclude-regex EXCLUDE_REGEX
هرگونه متا داده را که در آن کلید با عبارت منظم ارائه شده مطابقت دارد حذف کنید. این
عبارات حذف پیش فرض را تکمیل خواهد کرد. برای تمام داده های متا اعمال می شود.

-- پیش فرض-regexes
چاپ لیست پیش فرض شامل و حذف عبارات منظم و خروج.

سوالات عمومی گزینه های ارسال:
-v, -- پرحرف
چاپ اطلاعات اضافی

--سخت گیرانه
به جای نشان دادن اخطار، در اولین استثنا شکست بخورید.

- نسخه
نسخه را نشان دهید و خارج شوید.

این مسئولیت شماست که بدانید آیا اطلاعات بهداشتی خصوصی در فراداده وجود دارد
استخراج شده توسط این برنامه.

از dcmstack به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید