این دستور نقطهای است که میتواند در ارائهدهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیهساز آنلاین ویندوز یا شبیهساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
dotter - توالی نقاط با ابزارهای بهبود تصویر.
خلاصه
نقطه [گزینه] [گزینه های X]
شرح
مرجع: Sonnhammer ELL & Durbin R (1995). یک برنامه ماتریس نقطه با پویا
کنترل آستانه مناسب برای تجزیه و تحلیل DNA ژنومی و توالی پروتئین. ژن
167(2): GC1-10.
انواع مجاز:
پروتئین - پروتئین DNA - DNA DNA -
پروتئين
گزینه های ارسال:
-b
حالت دسته ای، نقطه نقطه را بنویسید
-l
بارگذاری نقطه نقطه از
-m
محدودیت استفاده از حافظه به مگابایت (پیشفرض 0.5)
-z
ضریب بزرگنمایی (فشرده سازی) را تنظیم کنید
-p
تنظیم ضریب پیکسل به صورت دستی (نسبت مقدار پیکسل/امتیاز)
-W
تنظیم اندازه پنجره کشویی (K => برآورد کارلین/آلتشول)
-M
خواندن در ماتریس امتیاز از (فرمت انفجار؛ پیش فرض: Blosum62).
-F
به ترتیب و داده ها از (جایگزین فایلهای ترتیبی می شود).
-f
بخشهای ویژگی را بخوانید
-H هنگام راه اندازی، نقطه نقطه را محاسبه نکنید.
-R ابزار Greyramp معکوس در شروع.
-r توالی_افقی معکوس و مکمل (DNA در مقابل پروتئین)
-D تصویر آینه ای را در مقایسه خود نشان ندهید
-w برای DNA: فقط رشته بالای توالی horizontal (واتسون)
-c برای DNA: فقط رشته پایینی توالی_horizontal (کریک)
-q
افست_توالی_افقی
-s
توالی_عمودی افست
برخی از گزینه های X: -acefont فونت اصلی حتماً فونت منو
با استفاده از خدمات onworks.net از dotter آنلاین استفاده کنید