این فرمان dsimulator است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
dsimulator - تولید قرائت مصنوعی برای یک ژنوم تصادفی
خلاصه
شبیه ساز جنلن: دو برابر [-cدو برابر (20.)] [-bدو برابر (.5)] [-rINT] [-mINT(10000)]
[-sINT(2000)][-xINT(4000)] [-eدو برابر (.15)][-Mپرونده]
شرح
شبیه ساز ابتدا یک ژنوم جعلی با اندازه تولید می کند جنلن*طول 1 مگابایت، که دارای تعصب AT است
-b. سپس نمونه های خوانده شده با طول متوسط را تولید می کند -m از طول log-normal
توزیع با انحراف معیار -s، اما خواندن طول کمتر از را نادیده می گیرد -x. آن
قرائت کافی برای پوشش ژنوم جمع آوری می کند -c زمان و معرفی می کند -e خطاهای کسری به
هر خوانده شده که در آن نسبت درج ها، حذف ها و جایگزین ها با تعریف شده تنظیم می شود
ثابت INS_RATE (پیش‌فرض 73%) و DEL_RATE (پیش‌فرض 20%) در داخل generate.c. یکنفر میتواند
همچنین میزان برداشت از رشته های رو به جلو و معکوس را کنترل کنید
تنظیم ثابت تعریف شده FLIP_RATE (پیش فرض 50/50). در -r گزینه بذر تصادفی است
مولد اعداد برای تولید ژنوم به طوری که فرد بتواند به صورت تکراری تولید کند
همان ژنوم زیرین برای نمونه برداری. اگر این پارامتر از دست رفته است، شناسه کار
فراخوانی مولد اعداد تصادفی را ایجاد می کند. خروجی به استاندارد ارسال می شود
خروجی (یعنی یک لوله یونیکس است). خروجی با فرمت Pacbio .fasta مناسب به عنوان ورودی است
به fasta2DB(1). در نهایت، -M گزینه درخواست می کند که مختصاتی که هر کدام از آنها خوانده می شود
نمونه برداری شده در فایل مشخص شده، یک خط در هر خواندن، کدگذاری اسکی نوشته شده است.
این فایل "نقشه" اساساً به کسی می گوید که هر خوانده شده به کجا متعلق به یک اسمبلی است و بسیار است
برای اهداف اشکال زدایی و آزمایش مفید است. اگر یک جفت خوانده شده است بگویید b،e سپس اگر b <e the
خواندن از [b,e] در جهت جلو نمونه برداری شد و اگر b > e از [e,b] در جهت
جهت عکس.
با استفاده از خدمات onworks.net از dsimulator آنلاین استفاده کنید
