faidx - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

faidx - دنباله ها را از FASTA واکشی کنید

خلاصه

faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {bed,chromsizes,nucleotide,transposed}] [-c] [-r] [-n |
-f] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -M] [--نسخه] فستا
[مناطق [مناطق ...]]

شرح

دنباله هایی را از FASTA واکشی کنید. اگر هیچ منطقه ای مشخص نشده باشد، تمام ورودی ها در فایل ورودی هستند
بازگشت. فایل FASTA ورودی باید به‌طور پیوسته با خط بسته‌بندی شود و خروجی آن باید به‌صورت خطی بسته‌بندی شود
بر اساس طول خط ورودی است.

OPTIONS

موضعی استدلال
فایل fasta FASTA

مناطق
فضا مناطق توالی را از هم جدا کرد تا واکشی به عنوان مثال chr1:1-1000

اختیاری استدلال
-h, --کمک
این پیام راهنما را نشان داده و خارج شوید

-b بستر، --بستر BED
فایل بستر مناطق

-o بیرون ، -- خارج OUT
نام فایل خروجی (پیش‌فرض: stdout)

-i {bed,chromsizes,nucleotide,transposed}, --تبدیل
{bed,chromsizes,nucleotide,transposed}
مناطق درخواستی را به فرمت دیگری تبدیل کنید. پیش فرض: هیچ

-c, --متمم
تکمیل کننده دنباله پیش فرض: نادرست

-r, --معکوس
توالی را برعکس کنید پیش فرض: نادرست

-n, --بدون نام
نام دنباله ها را از خروجی حذف کنید. پیش فرض: نادرست

-f, -- نام های کامل
خروجی نام کامل از جمله توضیحات. پیش فرض: نادرست

-x, ---فایل ها
هر منطقه را در یک فایل جداگانه بنویسید (نام ها از مناطق مشتق شده اند)

-l, --تنبل
پرکردن --پیش فرض-seq برای محدوده های از دست رفته پیش فرض: نادرست

-s DEFAULT_SEQ، --پیش فرض-seq DEFAULT_SEQ
پایه پیش فرض برای موقعیت های از دست رفته و پوشاندن. پیش فرض: N

-d حائل، جداکننده، --حائل، جداکننده حائل، جداکننده
جداکننده برای تقسیم نام ها به چندین مقدار (نام های تکراری خواهد بود
دور انداخته شد). پیش فرض: هیچ

-g REGEX، -- رژکس REGEX
عبارت منظم برای فیلتر کردن نام های توالی غیر منطبق. پیش فرض: .*

-m, --mask-with-default-seq
با استفاده از فایل FASTA ماسک کنید --پیش فرض-seq پیش فرض: نادرست

-M, -- ماسک به مورد
با تغییر به حروف کوچک، فایل FASTA را ماسک کنید. پیش فرض: نادرست

- نسخه
شماره نسخه pyfaidx را چاپ کنید

با استفاده از خدمات onworks.net از faidx به صورت آنلاین استفاده کنید