fdnamle - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

fdnaml - فیلوژنی نوکلئوتیدی را با حداکثر احتمال تخمین می زند

خلاصه

fdnaml -توالی seqsetall -intreefile درخت [- دسته بندی ها عدد صحیح] -نرخ صف
-دسته بندی ها املاک [-وزن املاک] -طول بولی [-ttratio شناور]
[فرکانس از تغییر وضعیت] -basefreq صف [-گاما فهرست] -ضریب گاما شناور
-ngammacat عدد صحیح ضریب نامتغیر شناور -ninvarcat عدد صحیح -invarfrac شناور
-nhmmcategories عدد صحیح هممریتز صف -احتمالات صف -adjsite بولی
-لامبدا شناور -بهم ریخته عدد صحیح -بذر عدد صحیح -جهانی بولی [-outgrno عدد صحیح]
[از طریق بولی] -outfile مجموعه [-ماهی قزل آلا تغییر وضعیت] -Outtreefile مجموعه
[-داده های چاپی بولی] [-پیش رفتن بولی] [-اثر درخت بولی] [هیپستات بولی]

fdnaml -کمک

شرح

fdnaml یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "Phylogeny:Molecular Sequence" است.

OPTIONS

ورودی بخش
-توالی seqsetall
فایل حاوی یک یا چند تراز توالی

-intreefile درخت

- دسته بندی ها عدد صحیح
مقدار پیش فرض: 1

-نرخ صف

-دسته بندی ها املاک

-وزن املاک
فایل وزن

اضافی بخش
-طول بولی
مقدار پیش فرض: N

-ttratio شناور
مقدار پیش فرض: 2.0

فرکانس از تغییر وضعیت
مقدار پیش فرض: Y

-basefreq صف
مقدار پیش فرض: 0.25 0.25 0.25 0.25

-گاما فهرست
مقدار پیش فرض: نرخ ثابت

-ضریب گاما شناور
مقدار پیش فرض: 1

-ngammacat عدد صحیح
مقدار پیش فرض: 1

ضریب نامتغیر شناور
مقدار پیش فرض: 1

-ninvarcat عدد صحیح
مقدار پیش فرض: 1

-invarfrac شناور
مقدار پیش فرض: 0.0

-nhmmcategories عدد صحیح
مقدار پیش فرض: 1

هممریتز صف
مقدار پیش فرض: 1.0

-احتمالات صف
مقدار پیش فرض: 1.0

-adjsite بولی
مقدار پیش فرض: N

-لامبدا شناور
مقدار پیش فرض: 1.0

-بهم ریخته عدد صحیح

-بذر عدد صحیح
مقدار پیش فرض: 1

-جهانی بولی
مقدار پیش فرض: N

-outgrno عدد صحیح

از طریق بولی
مقدار پیش فرض: Y

تولید بخش
-outfile مجموعه

-ماهی قزل آلا تغییر وضعیت
مقدار پیش فرض: Y

-Outtreefile مجموعه

-داده های چاپی بولی
مقدار پیش فرض: N

-پیش رفتن بولی
مقدار پیش فرض: Y

-اثر درخت بولی
مقدار پیش فرض: Y

هیپستات بولی
مقدار پیش فرض: N

با استفاده از خدمات onworks.net از fdnamle به صورت آنلاین استفاده کنید