این دستور fftns است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
mafft - برنامه هم ترازی چندگانه برای توالی اسید آمینه یا نوکلئوتیدی
خلاصه
mafft [گزینه های] ورودی [> تولید]
لینسی ورودی [> تولید]
جینسی ورودی [> تولید]
einsi ورودی [> تولید]
fftnsi ورودی [> تولید]
fftns ورودی [> تولید]
nwns ورودی [> تولید]
nwnsi ورودی [> تولید]
mafft-profile گروه 1 گروه 2 [> تولید]
ورودی, گروه 1 و گروه 2 باید در قالب FASTA باشد.
شرح
MAFFT یک برنامه تراز چند توالی برای سیستم عامل های یونیکس مانند است. ارائه می دهد
طیف وسیعی از روش های تراز چندگانه
دقت محور مواد و روش ها:
· L-INS-i (احتمالا دقیق ترین، توصیه می شود برای کمتر از 200 دنباله، پالایش تکراری
روشی که اطلاعات هم ترازی دوتایی محلی را در بر می گیرد):
mafft -- جفت محلی -- maxiterate 1000 ورودی [> تولید]
لینسی ورودی [> تولید]
· G-INS-i (مناسب برای دنباله هایی با طول های مشابه؛ توصیه می شود برای کمتر از 200 دنباله.
روش پالایش تکراری با ترکیب اطلاعات هم ترازی زوجی جهانی):
mafft -- جفت جهانی -- maxiterate 1000 ورودی [> تولید]
جینسی ورودی [> تولید]
· E-INS-i (مناسب برای توالی های حاوی مناطق بزرگ غیر قابل تراز؛ توصیه می شود برای
<200 دنباله):
mafft -- ep 0 --genafpair -- maxiterate 1000 ورودی [> تولید]
einsi ورودی [> تولید]
برای E-INS-i، -- ep 0 گزینه برای اجازه دادن به شکاف های بزرگ توصیه می شود.
سرعت محور مواد و روش ها:
· FFT-NS-i (روش پالایش تکراری؛ فقط دو چرخه):
mafft --دوباره 2 -- maxiterate 2 ورودی [> تولید]
fftnsi ورودی [> تولید]
· FFT-NS-i (روش پالایش تکراری؛ حداکثر 1000 تکرار):
mafft --دوباره 2 -- maxiterate 1000 ورودی [> تولید]
· FFT-NS-2 (سریع؛ روش مترقی):
mafft --دوباره 2 -- maxiterate 0 ورودی [> تولید]
fftns ورودی [> تولید]
· FFT-NS-1 (بسیار سریع؛ توصیه شده برای بیش از 2000 توالی؛ روش پیشرونده با یک روش ناهموار
درخت راهنما):
mafft --دوباره 1 -- maxiterate 0 ورودی [> تولید]
· NW-NS-i (روش پالایش تکراری بدون تقریب FFT؛ فقط دو چرخه):
mafft --دوباره 2 -- maxiterate 2 --نوفت ورودی [> تولید]
nwnsi ورودی [> تولید]
· NW-NS-2 (سریع؛ روش پیشرونده بدون تقریب FFT):
mafft --دوباره 2 -- maxiterate 0 --نوفت ورودی [> تولید]
nwns ورودی [> تولید]
· NW-NS-PartTree-1 (توصیه شده برای ~ 10,000 تا ~50,000 دنباله؛ روش مترقی
با الگوریتم PartTree):
mafft --دوباره 1 -- maxiterate 0 --نوفت --parttree ورودی [> تولید]
گروه به گروه ترازها
mafft-profile گروه 1 گروه 2 [> تولید]
و یا:
mafft -- maxiterate 1000 -- دانه گروه 1 -- دانه گروه 2 /dev/null [> تولید]
OPTIONS
الگوریتم
--خودکار
به طور خودکار یک استراتژی مناسب را از L-INS-i، FFT-NS-i و FFT-NS-2 انتخاب می کند،
با توجه به اندازه داده ها پیش‌فرض: خاموش (همیشه FFT-NS-2)
--6merpair
فاصله بر اساس تعداد 6mers مشترک محاسبه می شود. پیش فرض: روشن
-- جفت جهانی
همه ترازهای زوجی با الگوریتم Needleman-Wunsch محاسبه می شوند. بیشتر
دقیق اما کندتر از --6merpair. مناسب برای مجموعه ای از تراز جهانی
دنباله ها قابل استفاده تا 200 سکانس ترکیبی با --maxiterate 1000
توصیه می شود (G-INS-i). پیش فرض: خاموش (فاصله 6 متر استفاده می شود)
-- جفت محلی
همه ترازهای زوجی با الگوریتم اسمیت-واترمن محاسبه می شوند. دقیق تر
اما کندتر از --6merpair. مناسب برای مجموعه ای از توالی های قابل تراز محلی.
قابل استفاده تا 200 سکانس ترکیبی با --maxiterate 1000 است
توصیه می شود (L-INS-i). پیش فرض: خاموش (فاصله 6 متر استفاده می شود)
--genafpair
همه ترازهای زوجی با یک الگوریتم محلی با تعمیم داده شده محاسبه می شوند
هزینه شکاف افین (Altschul 1998). دقیق تر اما کندتر از --6merpair. مناسب
زمانی که شکاف های داخلی بزرگی انتظار می رود. قابل استفاده تا 200 سکانس آ
ترکیب با --maxiterate 1000 توصیه می شود (E-INS-i). پیش فرض: خاموش (6mer
فاصله استفاده می شود)
--fastapair
همه ترازهای زوجی با FASTA محاسبه می شوند (پیرسون و لیپمن 1988). FASTA است
ضروری. پیش فرض: خاموش (فاصله 6 متر استفاده می شود)
--وزنی عدد
ضریب وزنی برای مدت سازگاری که از ترازهای زوجی محاسبه می شود. معتبر
وقتی یکی از --globalpair، --localpair، --genafpair، --fastapair یا --blastpair باشد
انتخاب شد. پیش فرض: 2.7
--دوباره عدد
درخت راهنما ساخته شده است عدد بار در مرحله پیش رونده معتبر با فاصله 6 متر
پیش فرض: 2
-- maxiterate عدد
عدد چرخه های پالایش تکراری انجام می شود. پیش فرض: 0
--fft
از تقریب FFT در تراز گروه به گروه استفاده کنید. پیش فرض: روشن
--نوفت
از تقریب FFT در تراز گروه به گروه استفاده نکنید. پیش فرض: خاموش
--بدون امتیاز
امتیاز تراز در مرحله اصلاح تکراری بررسی نمی شود. پیش فرض: خاموش (امتیاز
بررسی می شود)
--memsave
از الگوریتم Myers-Miller (1988) استفاده کنید. پیش‌فرض: هنگامی که
طول تراز بیش از 10,000 (aa/nt) است.
--parttree
از روش درخت سازی سریع (PartTree، Katoh و Toh 2007) با فاصله 6 متر استفاده کنید.
برای تعداد زیادی (> ~ 10,000) دنباله ورودی توصیه می شود. پیش فرض: خاموش
--dpparttree
الگوریتم PartTree با فواصل بر اساس DP استفاده می شود. کمی دقیق تر و
کندتر از --parttree. برای تعداد زیادی (> ~ 10,000) دنباله توصیه می شود
ورودی پیش فرض: خاموش
--fastaparttree
الگوریتم PartTree با فواصل بر اساس FASTA استفاده می شود. کمی دقیق تر
و کندتر از --parttree. برای تعداد زیادی (> ~ 10,000) دنباله توصیه می شود
ورودی هستند. FASTA مورد نیاز است. پیش فرض: خاموش
--partsize عدد
تعداد پارتیشن ها در الگوریتم PartTree. پیش فرض: 50
-- گروه بندی کردن عدد
تراز را بزرگتر از عدد دنباله ها فقط با --*parttree معتبر است
گزینه ها. پیش فرض: تعداد دنباله های ورودی
پارامتر
--op عدد
پنالتی باز کردن فاصله در تراز گروه به گروه. پیش فرض: 1.53
-- ep عدد
مقدار افست، که مانند جریمه گسترش شکاف، برای تراز گروه به گروه عمل می کند.
پیش فرض: 0.123
--لوپ عدد
جریمه باز کردن شکاف در تراز زوجی محلی. زمانی معتبر است که --localpair یا
گزینه --genafpair انتخاب شده است. پیش فرض: -2.00
--لپ عدد
مقدار افست در تراز جفتی محلی. زمانی معتبر است که --localpair یا --genafpair باشد
گزینه انتخاب شده است. پیش فرض: 0.1
--lexp عدد
جریمه گسترش شکاف در تراز دوتایی محلی. زمانی معتبر است که --localpair یا
گزینه --genafpair انتخاب شده است. پیش فرض: -0.1
--LOP عدد
پنالتی باز کردن شکاف برای رد شدن از تراز. زمانی معتبر است که گزینه --genafpair باشد
انتخاب شد. پیش فرض: -6.00
--LEXP عدد
جریمه گسترش شکاف برای رد شدن از تراز. زمانی معتبر است که گزینه --genafpair باشد
انتخاب شد. پیش فرض: 0.00
--BL عدد
BLOSUM عدد ماتریس (Henikoff and Henikoff 1992) استفاده شده است. عدد= 30، 45، 62 یا 80.
پیش فرض: 62
--jtt عدد
JTT PAM عدد (جونز و همکاران 1992) از ماتریس استفاده شده است. عدد> 0. پیش فرض: BLOSUM62
--tm عدد
PAM گذرنده عدد (جونز و همکاران 1994) از ماتریس استفاده شده است. عدد> 0. پیش فرض:
BLOSUM62
--aamatrix فایل ماتریکس
از یک ماتریس امتیازدهی AA تعریف شده توسط کاربر استفاده کنید. فرمت از فایل ماتریکس همان است که از
انفجار. وقتی توالی های نوکلئوتیدی وارد می شوند نادیده گرفته می شود. پیش فرض: BLOSUM62
-fmodel
اطلاعات ترکیب AA/nuc را در ماتریس امتیازدهی بگنجانید. پیش فرض: خاموش
تولید
-- clustalout
فرمت خروجی: فرمت کلاسال پیش‌فرض: خاموش (فرمت سریع)
--inputorder
ترتیب خروجی: همانند ورودی. پیش فرض: روشن
-- سفارش مجدد
ترتیب خروجی: تراز. پیش فرض: خاموش (inputorder)
--درختی
درخت راهنما به خروجی می آید ورودیفایل .tree. پیش فرض: خاموش
--ساکت
پیشرفت را گزارش ندهید پیش فرض: خاموش
ورودی
--nuc
فرض کنید توالی ها نوکلئوتیدی هستند. پیش فرض: خودکار
-- آمینو
فرض کنید توالی ها آمینو اسید هستند. پیش فرض: خودکار
-- دانه تراز 1 [-- دانه تراز 2 -- دانه تراز 3 ...]
ترازهای بذر داده شده در alignment_n (فرمت سریع) با دنباله های موجود در تراز می شوند
ورودی. هم ترازی درون هر دانه حفظ می شود.
با استفاده از خدمات onworks.net از fftns به صورت آنلاین استفاده کنید
