findknownsnps - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

findknownsnps - اجرایی اصلی برای snpomatic

خلاصه

findknownsnps گزینه های

شرح

findknownsnps اصلی ترین فایل اجرایی است snpomatic نرم افزار.

OPTIONS

این گزینه ها کنترل می کنند که آیا خروجی روی فایل(ها)، خروجی استاندارد یا مستقیم نوشته می شود
به یک پیجر مرد

--ژنوم=GENOME_FILE
فایل FASTA با کروموزوم (اجباری)

--fasta=FASTA_FILE
فایل FASTA با خواندن Solexa (اجباری است، به جز زمانی که از --fastq یا --index استفاده می شود)

--fasta=FASTA_FILE
فایل FASTA با خواندن Solexa (اجباری است، به جز زمانی که از --fastq یا --index استفاده می شود)

--fastq=FASTQ_FILE
فایل FASTQ با خواندن Solexa (اجباری است، به جز زمانی که --fasta یا --index استفاده می شود)

--fastq2=FASTQ_FILE2
فایل FASTQ با خواندن سولکسا (اختیاری؛ خوانده شده همسر)

--nono=FILENAME
فایل با لیستی از نام های خوانده شده (!) برای نادیده گرفتن (اختیاری)

--regions=REGION_FILE
فایل منطقه برای یافتن SNP های جدید (اختیاری) [منسوخ شده]

--snps=SNP_FILE
فایل SNP ساده (اختیاری)

--gff=GFF_FILE
فایل GFF با SNP (اختیاری)

--uniqueness=FILE
خروجی یک فایل داده منحصر به فرد برای مرجع. نیازی به خواندن سولکسا نیست. دلالت دارد
-- میانبرها (اختیاری)

--pileup=FILE
خروجی انباشته کامل در آن فایل (اختیاری)

--سیگار=فایل
تراز خروجی در فرمت CIGAR (اختیاری)

--gffout=FILE
خروجی خواندن در فرمت GFF (اختیاری)

--coverage=FILENAME
داده های پوشش خروجی (عمق بالا) (اختیاری)

--wobble=FILENAME
فهرستی از تغییرات احتمالی (اختیاری؛ فقط خواندنی های جفتی) [UNDER
ساخت و ساز]

--fragmentplot=FILENAME
نمودار توزیع اندازه قطعه را به یک فایل خروجی می دهد (اختیاری)

--snpsinreads=FILENAME
فهرستی از خواندنی های حاوی SNP های شناخته شده را به یک فایل خروجی می دهد (اختیاری)

--indelplot=FILENAME
خروجی داده های indel به یک فایل (اختیاری)

--inversions=FILENAME
برای خواندن های زوجی، منطبق های خوانده شده را می نویسد که نشان دهنده وارونگی در یک فایل است (اختیاری)

--faceaway=FILENAME
برای خواندن های جفتی، منطبق های خواندنی را می نویسد که "رو به دور" از یکدیگر در یک فایل هستند
(اختیاری)

--sqlite=FILENAME
یک فایل متنی sqlite با داده های تراز [EXPERIMENTAL] (اختیاری) ایجاد می کند

--sam=FILENAME
یک فایل تراز SAM ایجاد می کند (اختیاری)

--spancontigs=FILENAME
خروجی جفت‌هایی را می‌خواند که در آن «نصف» نقشه را به‌طور منحصربه‌فرد برای گروه‌های مختلف می‌خواند (اختیاری)

--bins=FILE_PREFIX
خروجی سولکسا بدون منطبق، تک منطبق و چند منطبق خواندن در فایل های پیشوند
(اختیاری)

--binmask=MASK
ماسک 1 و 0 برای خاموش کردن سطل های جداگانه. سفارش: بدون مسابقه، تک مسابقه،
چند مسابقه، IUPAC. مثال: 0100 فقط سطل تک مسابقه ای ایجاد می کند. (اختیاری؛
پیش فرض: 1111)

--pair=NUMBER
برای خواندن های زوجی، طول قسمت اول خوانده شده (برای جفت اجباری است
می خواند)

--fragment=NUMBER
برای خواندن های زوجی، میانگین طول قطعه (اجباری برای خواندن های زوجی)

--واریانس=NUMBER
برای خواندن زوج، واریانس طول قطعه به هر طرف (اختیاری؛
پیش فرض: 1/4 اندازه قطعه)

--wobblemax=NUMBER
حداکثر تعداد عدم تطابق برای wobble (اختیاری؛ پیش‌فرض 2؛ به --wobble مراجعه کنید)

--mspi=NUMBER
حداکثر تعداد SNP در هر شاخص کروموزومی (اختیاری؛ پیش‌فرض: 8)

--index=FILENAME
نام فایل فهرست (در صورت عدم وجود فهرست، اختیاری ایجاد می شود)

-- میانبرها
تمام نواحی کروزوزومی را پردازش می‌کند، حتی آن‌هایی که دارای تعداد زیادی تکرار هستند (اختیاری؛ خیر
مقدار)

--snpsonly
فقط لیست‌هایی که SNP‌های یافت شده در انباشته هستند (اختیاری؛ بدون مقدار)

--کروموزوم=NAME
همه کروموزوم ها به جز NAME را قبل از اجرا دور می اندازد (اختیاری)

--index_from=NUMBER
نمایه سازی را در این موقعیت در همه کروموزوم ها شروع می کند (اختیاری)

--index_to=NUMBER
نمایه سازی را در این موقعیت در همه کروموزوم ها متوقف می کند (اختیاری)

--chop=NUMBER
برای خواندن زوجی، اگر یکی اما دیگری مطابقت ندارد، دیگری را کوتاه کنید عدد
پایه ها (اختیاری)

--index1=NUMBER
طول شاخص داخلی 1 (اختیاری؛ پیش‌فرض: 10)

--index2=NUMBER
طول شاخص داخلی 2 (اختیاری؛ پیش‌فرض: 16)

--memory_save=NUMBER
ژنوم را در هر NUMBER موقعیت نمایه می کند. حافظه و زمان اجرا را ذخیره می کند، اما می تواند
عوارض جانبی عجیبی دارند (اختیاری)

-- چند مسابقه
خواندن چند تطبیقی ​​را در یک موقعیت تصادفی (اختیاری) [در حال حاضر جفت شده است
فقط می خواند]

--تک مسابقه
فقط عملکردهای خروجی اضافی را برای منطبقات منفرد (اختیاری) [در حال حاضر انجام می دهد
فقط خواندن های زوجی]

-- فوم برای خواندن های زوجی، حداقل یک خوانده باید به طور منحصر به فرد در ژنوم مطابقت داشته باشد (اجبار یک
مطابقت منحصر به فرد) (اختیاری)

-- عدم تطابق
تعداد عدم تطابق مجاز خارج از نمایه (index1+index2) (اختیاری)

--rpa=FILENAME
تمام ترازهای جفت خوانده شده را در یک فایل می نویسد (اختیاری)

دسامبر 2015 FINDKNOWNSNPS(1)

با استفاده از خدمات onworks.net از findknownsnps به صورت آنلاین استفاده کنید