freecontact - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

freecontact - پیش بینی کننده سریع تماس با پروتئین

خلاصه

تماس آزاد [OPTION]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] < alignment.aln > contacts.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < alignment.fa | تماس آزاد
--parprof evfold > contacts.out

freecontact --ali=ALIFILE --apply-gapth=بول --clustpc=NUM -- تراکم =NUM --cov20=بول
--estimate-ivcov=بول --gapth=NUM --icme-timeout=NUM --input-format=[مسطح|xml]
--mincontsep=NUM --output-format=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-weight=NUM --rho=NUM -- نخ ها =NUM --veczw=بول

freecontact --help --debug --quiet --نسخه

شرح

FreeContact یک پیش بینی کننده تماس باقی مانده پروتئین است که برای سرعت بهینه شده است. FreeContact می تواند
به عنوان یک افت در شتاب برای پیش بینی های تماس منتشر شده EVfold-mfDCA از
DS مارکس و همکاران (2011) [1]، و PSICOV از D. Jones و همکاران. (2011) [2].

FreeContact با ترکیبی از دستورالعمل های برداری، رشته های متعدد و
اجرای سریعتر قطعات کلیدی بسته به تراز، افزایش سرعت 8 برابر یا بالاتر
ممکن است

یک تراز به اندازه کافی بزرگ برای نتایج معنی دار مورد نیاز است. به عنوان حداقل، یک
هم ترازی با یک دنباله موثر (پس از وزن دهی) بزرگتر از طول
دنباله پرس و جو باید استفاده شود. ترازهایی با ده ها هزار دنباله (موثر).
ورودی خوبی محسوب می شوند.

جکمر(1) یا hhblits(1) را می توان برای تولید ترازها استفاده کرد.

[1] PLoS One. 2011;6(12):e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. Epub 2011 7 دسامبر.
ساختار سه بعدی پروتئین از تغییرات توالی تکاملی محاسبه شده است. مارک DS، Colwell LJ،
Sheridan R، Hopf TA، Pagnani A، Zecchina R، Sander C.

[2] بیوانفورماتیک. 2012 ژانویه 15;28(2): 184-90. Epub 2011 Nov 17. PSICOV: دقیق
پیش‌بینی تماس ساختاری با استفاده از تخمین کوواریانس معکوس پراکنده روی مضربی بزرگ
ترازهای توالی جونز دی تی، بوکان دی دبلیو، کوزتو دی، پونتیل ام.

ورودی
فرمت های زیر پشتیبانی می شوند:

صاف
فرمت فایل ورودی ساده زیر استفاده می شود:

# querystart=5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
QUERYSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
-تراز --- دنباله -- با شکاف -----
SEQUENCE دیگر-تراز شده---------------

خطوط سرصفحه "#" اختیاری هستند. خطوط سربرگ برای محاسبه باقیمانده تماس استفاده می شود
اعداد و جستجوی باقیمانده پرس و جوی مربوطه برای فرمت های خروجی خاص.

اگر پرس و جو تعریف نشده باشد، اولین دنباله در تراز به عنوان پرس و جو استفاده می شود
توالی. دنباله پرس و جو نباید دارای شکاف در تراز باشد.

طول همه ردیف‌های تراز باید یکسان باشد و ممکن است فقط شامل آن‌ها باشد
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]. [B] به [D]، [Z] به [E]، [JOUX] نگاشت شده است
به [X] نگاشت شده است. [X] فقط خودش را برای کل برنامه منطبق می کند.

ترازهای ورودی A2M را می توان با استفاده از فرمت فوق تبدیل کرد
/usr/share/freecontact/a2m2aln. از a2m2aln می توان برای لوله کشی مستقیم استفاده کرد
در تماس آزاد

XML سند XML با یکhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
عنصر، تعریف شده در طرح FreeContact [4] مشتق شده از BioXSD [5].

مثال: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

تولید
فرمت اصلی خروجی EVfold-mfDCA یا PSICOV به طور پیش فرض در موارد مربوطه استفاده می شود
نمایه پارامتر انتخاب شده است.

این فولد (EVfold-mfDCA)
5 K 6 L 0.332129 3.59798
| | | | | + امتیاز تماس هنجار اصلاح شده (CN).
| | | | + امتیاز اطلاعات متقابل (MI).
| | | + تماس با کد باقی مانده اسید آمینه
| | + شماره تماس باقی مانده
| + تماس با کد باقی مانده اسید آمینه
+ شماره تماس باقی مانده

مخاطبین بر اساس شماره باقی مانده مرتب شده اند.

pfrmat_rr (PSICOV)
فرمت پیش‌بینی جداسازی پسماند-بقایای CASP (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + امتیاز تماس
| | محدوده +-+ [Å] فاصله Cb-Cb پیش‌بینی‌شده برای جفت باقی‌مانده
| | (C-alpha برای گلایسین)
| | این دو فیلد در خروجی ثابت هستند.
| + شماره تماس باقی مانده
+ شماره تماس باقی مانده

مخاطبین بر اساس امتیاز، نزولی مرتب شده اند.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?page=format>

bioxsd
سند XML با یکhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
عنصر، تعریف شده در طرح FreeContact [4] مشتق شده از BioXSD [5].

مثال: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

توجه: از آنجایی که BioXSD با همکاری FreeContact در حال توسعه فعال است
طرح FreeContact ممکن است در واقع از نسخه ای مشتق شده باشد که هنوز در [5] موجود نیست.

[4]

[5]http://bioxsd.org>

خروجی ممکن است همه مخاطبین ممکن را فهرست نکند.

مراجع

ارسال شده. FreeContact: پیش‌بینی سریع و رایگان تماس مستقیم باقیمانده و باقیمانده.
Kaján L، Sustik MA، Marks DS، Hopf TA، Kalaš M، Rost B.

OPTIONS

-a [ --threads ] arg
موضوعات برای استفاده از [0-). 0 یعنی تعداد هسته ها.

--apply-gapth arg
وقتی درست است، ستون‌ها و ردیف‌های باقیمانده با فرکانس شکاف وزنی را حذف کنید --شکاف
از ماتریس کوواریانس [بولی].

-c [ --clustpc ] arg
درصد خوشه بندی BLOSUM [0-100].

--cov20 arg
اگر درست است، یک اسید آمینه را از ماتریس کوواریانس خارج کنید و آن را بیش از حد تعیین نکنید
[بولی].

-d [ -- تراکم ] arg
چگالی ماتریس دقیق هدف [0-1]. تنظیم 0 برای کنترل نکردن تراکم

- رفع اشکال
اشکال زدایی را روشن کنید.

--estimate-ivcov arg
به جای وارونگی ماتریس [بولی] از تخمین ماتریس کوواریانس معکوس استفاده کنید.

-f [ --ali ] arg (=-)
فایل تراز [مسیر]. اگر '-'، ورودی استاندارد است. پیش فرض: '-'.

-g [ --gapth ] arg
آستانه فرکانس شکاف وزنی (0-1].

-h [-help]
این پیام کمکی را تولید کنید.

-i [ --input-format ] arg (= مسطح)
فرمت ورودی [مسطح|xml].

--icme-timeout arg (=1800)
بازه زمانی تخمین ماتریس کوواریانس معکوس در ثانیه [0-). برای هر نسخه اعمال می شود
مستقل تماس بگیرید اگر مهلت زمانی رخ دهد، برنامه با وضعیت خارج می شود 2.

-- mincontsep arg
حداقل جداسازی جفت باقیمانده تماسی از نظر توالی در اسیدهای آمینه به عنوان
(جی>=ارگ). 1 برای باقی مانده های مجاور [1-).

-o [ --output-format ] arg
فرمت خروجی [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof arg (=پیش‌فرض)
نمایه پارامتر (اختیاری) [پیش‌فرض|evfold|psicov]. نمایه پیش فرض است این فولد.

از آرگومان های خط فرمان می توان برای نادیده گرفتن مقادیر نمایه استفاده کرد.

این فولد
حالت سازگاری EVfold-mfDCA [1] را فعال می کند.

psicov
حالت سازگاری PSICOV [2] را فعال می کند.

psicov-sd
حالت پیش فرض معقول PSICOV [2] را فعال می کند: rho پیش فرض ثابت، بدون کنترل تراکم.

-w [ --pscount-weight ] arg
وزن شبه شمار [0-1].

-p [ -- pseudocnt ] arg
شبه شمار [0-).

-- پپ
چاپ پارامترهای موثر بر روی خطای استاندارد. از این گزینه برای دیدن پارامترها استفاده کنید
تماس آزاد(1) با جزئیات اجرا می شود. این به ویژه زمانی مفید است که -- parprof
گزینه در ترکیب با گزینه های دیگر استفاده می شود.

--rho arg
مقدار اولیه پارامتر تنظیم گلاسو [0-). اگر منفی است، مقدار را انتخاب کنید
به صورت خودکار.

--آرگ آرام (=0)
چیزی جز پیام های خطا روی خطای استاندارد چاپ نکنید. تاثیر نمی گذارد - رفع اشکال.

--veczw arg
در صورت وجود از وزن دهی توالی بردار استفاده کنید [بولی].

- نسخه
نسخه چاپی

خروج وضعیت

0 بدون خطا - موفقیت.

1 خطای نامشخص

2 تایم اوت (نگاه کنید به --icme-timeout) رخ داده است.

مثال ها

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

NOTES

برای عملکرد بهینه، از نرم افزار جبر خطی تنظیم شده خودکار (ATLAS) استفاده کنید.
کتابخانه وارد on la دستگاه جایی که freecontact اجرا می شود.

با استفاده از خدمات onworks.net از freecontact آنلاین استفاده کنید