این دستور gaeval است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
gaeval - نمرات پوشش و intergrity را برای مدل های ژنی بر اساس رونوشت محاسبه کنید
ترازها
خلاصه
گاوال [گزینه های] alignments.gff3 genes.gff3 [moregenes.gff3 ...]
شرح
گزینه های اساسی:
-h|--کمک
این پیام راهنما را چاپ کنید و خارج شوید
-v|--نسخه
شماره نسخه را چاپ کنید و خارج شوید
وزن برای محاسبه امتیاز یکپارچگی (باید تا 1.0 جمع شود):
-a|--آلفا: دو برابر
اینترون ها تایید شده یا % طول CDS مورد انتظار برای ژن های تک اگزون. پیش فرض 0.6 است
-b|--بتا: DOUBLE
پوشش اگزون؛ پیش فرض 0.3 است
-g|--گاما: دو برابر
% طول UTR 5' مورد انتظار. پیش فرض 0.05 است
-e|--epsilon: DOUBLE
% طول UTR 3' مورد انتظار. پیش فرض 0.05 است
طول ویژگی مورد انتظار برای محاسبه امتیاز یکپارچگی:
-c|--exp-cds: INT
طول CDS مورد انتظار (بر حسب bp)؛ پیش فرض 400 است
-5|--exp-5putr: INT
طول UTR مورد انتظار 5'; پیش فرض 200 است
-3|--exp-3putr: INT
طول UTR مورد انتظار 3'; پیش فرض 100 است
از gaeval به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
