genome-music-clinical-correlationp - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

همبستگی بالینی موسیقی ژنوم - همبستگی صفات فنوتیپی با ژن های جهش یافته، یا
در برابر انواع فردی

نسخه

این سند موزیک ژنوم بالینی همبستگی نسخه 0.04 (2016-01-01 در
23:10:18)

خلاصه

ژنوم موسیقی بالینی-همبستگی --bam-list=? --output-file=؟ [--maf-file=؟]
[--glm-clinical-data-file=?] [--use-maf-in-glm] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--clinical-correlation-matrix-file=?] [--input-clinical-correlation-matrix-file=?]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinical-data-file=?] [--numerical-data-test-method=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-model-file=?]

... موسیقی بالینی - همبستگی \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
-- ژنتیک-داده-نوع 'ژن' \
--output-file /path/output_file

... موسیقی بالینی - همبستگی \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
-- ژنتیک-داده-نوع 'ژن' \
--output-file /path/output_file

... موسیقی بالینی - همبستگی \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--output-file /path/output_file \
--glm-model-file /path/model.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/glm_clinical_data.tsv \
--use-maf-in-glm

مورد نیاز ادله

بام لیست متن
فهرست جداشده از برگه‌های فایل‌های BAM [sample_name، normal_bam، tumor_bam] (به توضیحات مراجعه کنید)

فایل خروجی متن
نتایج ابزار همبستگی بالینی. پسوندی برای نوع داده اضافه خواهد شد

اختیاری ادله

فایل ماف متن
لیست جهش ها با استفاده از مشخصات TCGA MAF v2.3

glm-clinical-data-file متن
صفات بالینی، پروفایل های جهش، سایر داده های بالینی مختلط (به توضیحات مراجعه کنید)

use-maf-in-glm بولی
یک ماتریس متغیر از فایل MAF به عنوان ورودی متغیر برای تجزیه و تحلیل GLM ایجاد کنید.

مقدار پیش‌فرض 'false' (--nouse-maf-in-glm) اگر مشخص نشده باشد

nouse-maf-in-glm بولی
استفاده از maf-in-glm را "نادرست" کنید

رد شدن-غیر کدگذاری بولی
جهش‌های غیر کدگذاری را از فایل MAF ارائه شده رد کنید

مقدار پیش‌فرض "true" اگر مشخص نشده باشد

noskip-non-coding بولی
رد شدن بدون کدگذاری را "نادرست" کنید

پرش-بی صدا بولی
جهش های بی صدا را از فایل MAF ارائه شده رد کنید

مقدار پیش‌فرض "true" اگر مشخص نشده باشد

noskip-silent بولی
«نادرست» کردن skip-silent

بالینی-همبستگی-ماتریس-پرونده متن
یک فایل برای ذخیره ماتریس نمونه در مقابل ژن ایجاد شده در طول محاسبات مشخص کنید

ورودی-بالینی-همبستگی-ماتریس-فایل متن
به جای ایجاد این مورد از MAF، ماتریس نمونه در مقابل ژن را برای وارد کنید
محاسبات

نوع داده ژنتیکی متن
داده های بالینی را با داده های سطح "ژن" یا "تغییر" مرتبط کنید

مقدار پیش‌فرض «ژن» در صورتی که مشخص نشده باشد

فایل داده های عددی بالینی متن
جدول نمونه ها (y) در مقابل دسته داده های بالینی عددی (x)

روش آزمون داده های عددی متن
یا «cor» برای همبستگی پیرسون یا «ویلکاکس» برای آزمون رتبه-جمع ویلکاکسون برای
داده های بالینی عددی

مقدار پیش‌فرض 'cor' اگر مشخص نشده باشد

فایل-داده-رده-بالینی متن
جدول نمونه ها (y) در مقابل دسته داده های بالینی طبقه بندی شده (x)

glm-model-file متن
فایلی که نوع مدل، متغیر پاسخ، متغیرهای کمکی و غیره را برای GLM مشخص می کند
تحلیل و بررسی. (به DESCRIPTION مراجعه کنید)

شرح

این دستور به صفات بالینی و داده های جهش مربوط می شود. هر کدام می توانند اجرا کنند
تجزیه و تحلیل همبستگی بین جهش های ثبت شده در یک MAF و فنوتیپی خاص
صفات در پرونده‌های داده‌های بالینی برای همان نمونه‌ها ثبت می‌شوند یا می‌توان یک تعمیم‌یافته را اجرا کرد
تجزیه و تحلیل مدل خطی (GLM) بر روی انواع مشابه داده ها.

فایل های داده های بالینی برای همبستگی باید بین عددی و مقوله ای جدا شوند
داده ها و باید از این قراردادها پیروی کند:

· سرصفحه الزامی است

· هر فایل باید شامل حداقل 1 ستون sample_id و 1 ستون مشخصه باشد
قالب [نمونه_شناسه_دیتا_ویژگی_1_ویژگی_داده_کلینیکی_2 ...]

· شناسه نمونه باید با شناسه نمونه مندرج در MAF در زیر "Tumor_Sample_Barcode" مطابقت داشته باشد.
برای ارتباط جهش های این نمونه.

به اهمیت سرصفحه ها توجه کنید: سرصفحه برای هر ویژگی کلینیکی_داده خواهد بود
برای نشان دادن روابط با داده های جهش از MAF در فایل خروجی ظاهر می شود.

در داخل، داده های ورودی به یک اسکریپت R وارد می شود که یک مقدار P را نشان می دهد
احتمال همبستگی مشاهده شده بین جهش در هر ژن (یا گونه)
و هر صفت فنوتیپی تصادفی است. مقادیر P پایین تر نشان دهنده تصادفی بودن کمتر یا احتمال آن است
همبستگی های واقعی

نتایج در نام فایل خروجی داده شده با پسوند ضمیمه ذخیره می شوند. ".numeric.csv"
برای نتایج به دست آمده از داده های بالینی عددی و "categorical.csv." ضمیمه خواهد شد.
برای نتایج به دست آمده از داده های بالینی طبقه بندی شده ضمیمه خواهد شد. همچنین، ".glm.csv" خواهد بود
به نام فایل خروجی برای نتایج GLM اضافه شود.

تجزیه و تحلیل GLM یک فایل داده‌های بالینی ترکیبی عددی و دسته‌بندی را می‌پذیرد، ورودی با استفاده از
پارامتر --glm-clinical-data-file. داده های بالینی GLM باید به فرمت های توضیح داده شده پایبند باشد
در بالا برای فایل های داده های بالینی همبستگی. GLM همچنین از کاربر می خواهد که a را وارد کند
--glm-model-file. این فایل به سربرگ های خاصی نیاز دارد و آنالیز را تعریف می کند
به طور دقیق انجام شد در اینجا قراردادهای مورد نیاز برای این فایل آمده است:

· ستون ها باید به این صورت مرتب شوند:

· [تحلیل_نوع_تحلیل_داده_ویژگی_نام نوع/نام_ژن یادداشت متغیرها]

· ستون 'analysis_type' باید حاوی "Q" باشد که یک صفت کمی را نشان می دهد، یا
"B" که نشان دهنده یک صفت باینری است مورد بررسی قرار خواهد گرفت.

· "Clinical_data_trait_name" نام یک ویژگی داده بالینی است که با
هدر در فایل --glm-clinical-data.

· 'Variant/gene_name' می تواند نام یک یا چند ستون از ستون باشد
--glm-clinical-da-file، یا نام یک یا چند نام ژن جهش یافته از MAF،
جدا شده با "|". اگر این ستون خالی بماند، یا در عوض حاوی "NA" باشد، هر کدام
ستون از ماتریس جهش متغیر (--use-maf-in-glm) یا متناوبا
--glm-clinical-da-file به طور متوالی به عنوان ستون متغیر در مستقل استفاده می شود
تجزیه و تحلیل

· «متغیرهای کمکی» نام یک یا چند ستون از فایل --glm-clinical-data است،
جدا شده با "+".

· "یادداشت" هر یادداشتی است که برای کاربر مفید باشد. در داده های خروجی چاپ خواهد شد
فایل برای مرجع

تجزیه و تحلیل GLM ممکن است صرفاً با استفاده از ورودی داده ها در فایل --glm-clinical-data انجام شود،
همانطور که در بالا توضیح داده شد، یا به طور متناوب، داده های جهش از MAF ممکن است به عنوان گنجانده شود
انواع در تجزیه و تحلیل GLM، همانطور که در بالا نیز توضیح داده شد. از پرچم --use-maf-in-glm استفاده کنید
شامل ماتریس جهش مشتق شده از maf به عنوان داده های متغیر است.

توجه داشته باشید که تمام فایل های ورودی هم برای تجزیه و تحلیل همبستگی و GLM باید با برگه ها جدا شوند.

ادله

--بام-لیست
برای هر کدام یک فایل حاوی نام‌های نمونه و مکان‌های BAM طبیعی/توموری ارائه کنید. استفاده کنید
فرمت جداشده با برگه [نام_نمونه_normal_bam tumor_bam] در هر خط. فقط این ابزار
به sample_name نیاز دارد، بنابراین تمام ستون‌های دیگر را می‌توان نادیده گرفت. نمونه_نام باید باشد
همانند نام‌های نمونه تومور مورد استفاده در فایل MAF (ستون شانزدهم، با هدر
تومور_نمونه_بارکد).

با استفاده از خدمات onworks.net از genome-music-clinical-correlationp به صورت آنلاین استفاده کنید