genome-music-galaxyp - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

Genome music galaxy - مجموعه کامل ابزارهای MuSiC را به صورت متوالی اجرا کنید.

نسخه

این سند ژنوم موزیک کهکشان نسخه 0.04 (2016/01/01 در ساعت 23:10:18) را شرح می‌دهد.

خلاصه

ژنوم موسیقی کهکشان [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundle=؟ --roi-file=؟
--reference-sequence=؟ --maf-file=؟ --pathway-file=؟ [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--mutation-matrix-file=?] [--permutations=?]
[--normal-min-depth=?] [--tumor-min-depth=?] [--min-mapq=?] [--نمایش-پرش شده]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--numerical-data-test-method=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--جداسازی-برش] [--ادغام-همزمان-muts] [--پرش-غیر-کدگذاری] [--پرش-بی‌صدا]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--کلمه]
[--clinical-correlation-matrix-file=؟]

این ابزار تمام اطلاعات مورد نیاز برای اجرای هر ابزار را به عنوان پارامتر می گیرد. یک
مثال استفاده این است:

... پخش موسیقی \
--bam-list input/bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinical-data-file input/numeric_clinical_data.csv \
--maf-file input/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-file input/pathway_db \
--reference-sequence input/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
- ژن نوع داده ژنتیکی

مورد نیاز ادله

بام لیست متن
فهرست جداشده از برگه‌های فایل‌های BAM [نمونه_نام normal_bam tumor_bam]

خروجی-بسته متن
مکانی که Galaxy می‌خواهد مجموعه خروجی‌های موسیقی در آن ذخیره شود

roi-پرونده متن
فهرست ROI با برگه محدود شده [CHr start stop gene_name]

مرجع-توالی متن
مسیر به دنباله مرجع در قالب FASTA

فایل ماف متن
لیست جهش ها با استفاده از مشخصات TCGA MAF نسخه 2.3

مسیر-پرونده متن
فایل جدا شده با برگه اطلاعات مسیر

اختیاری ادله

خروجی- کارگردان
دایرکتوری که در آن فایل های خروجی و زیر شاخه ها نوشته می شوند

مقدار پیش‌فرض '' اگر مشخص نشده باشد

فایل داده های عددی بالینی متن
جدول نمونه ها (y) در مقابل دسته داده های بالینی عددی (x)

فایل-داده-رده-بالینی متن
جدول نمونه ها (y) در مقابل دسته داده های بالینی طبقه بندی شده (x)

mutation-matrix-file متن
به صورت اختیاری ماتریس نمونه در مقابل ژن مورد استفاده در محاسبات را ذخیره کنید.

جابجایی شماره
تعداد جایگشت های مورد استفاده برای تعیین مقادیر P

نرمال-دقیقه عمق عدد صحیح
حداقل عمق خواندن برای در نظر گرفتن پایه BAM معمولی تحت پوشش

عمق تومور در دقیقه عدد صحیح
حداقل عمق خواندن برای در نظر گرفتن پایه تومور BAM تحت پوشش

min-mapq عدد صحیح
حداقل کیفیت نگاشت خواندنی ها که باید برای شمارش عمق خواندن در نظر گرفته شود

نمایش داده شد بولی
هر جهش نادیده گرفته شده را گزارش دهید، نه فقط چند مورد

مقدار پیش‌فرض 'false' (--noshow-skipped) اگر مشخص نشده باشد

نوشو رد شد بولی
نشان دادن «نادرست» نمایش پرش شده

ژن ها برای نادیده گرفتن متن
فهرستی از ژن‌هایی که با کاما محدود شده‌اند، برای نادیده گرفتن نرخ جهش پس‌زمینه

bmr شماره
نرخ جهش پس زمینه در مناطق هدف

حداکثر نزدیکی متن
حداکثر فاصله AA بین 2 جهش

bmr-modifier-file متن
فهرستی از مقادیر به‌ازای هر ژن که BMR را قبل از آزمایش [gene_name] تغییر می‌دهند، با برگه‌ها مشخص شده است
bmr_modifier]

روش آزمون داده های عددی متن
یا «cor» برای همبستگی پیرسون یا «ویلکاکس» برای آزمون رتبه-جمع ویلکاکسون برای
داده های بالینی عددی

مقدار پیش‌فرض 'cor' اگر مشخص نشده باشد

ژن های mr-کم را نادیده بگیرید بولی
از آزمایش ژن هایی با MR کمتر از MR پس زمینه صرفنظر کنید

مقدار پیش‌فرض "true" اگر مشخص نشده باشد

ژن های noskip-low-mr بولی
ژن های skip-low-mr را "نادرست" کنید

max-fdr شماره
حداکثر نرخ کشف نادرست مجاز برای یک ژن که باید SMG در نظر گرفته شود

مقدار پیش‌فرض '0.2' اگر مشخص نشده باشد

نوع داده ژنتیکی متن
داده‌های موجود در فایل ماتریس باید از نوع «ژن» یا «واریانت» باشند

wu-annotation-headers بولی
از این به صورت پیش‌فرض برای سرصفحه‌های فرمت حاشیه‌نویسی wustl استفاده کنید

nowu-annotation-headers بولی
هدرهای wu-annotation را "نادرست" کنید

bmr-groups عدد صحیح
تعداد خوشه های نمونه با BMR های قابل مقایسه

مقدار پیش‌فرض '1' اگر مشخص نشده باشد

برش های جداگانه بولی
جهش های برش را به عنوان یک دسته جداگانه گروه بندی کنید

مقدار پیش‌فرض "false" (--noseparate-truncations) اگر مشخص نشده باشد

جدا کردن بینی بولی
برش های جداگانه را "نادرست" کنید

ادغام-همزمان-muts بولی
جهش های متعدد یک ژن در یک نمونه به عنوان 1 در نظر گرفته می شود

مقدار پیش‌فرض 'false' (--nomerge-concurrent-muts) اگر مشخص نشده باشد

nomerge-concurrent-muts بولی
merge-concurrent-muts را "نادرست" کنید

رد شدن-غیر کدگذاری بولی
جهش‌های غیر کدگذاری را از فایل MAF ارائه شده رد کنید

مقدار پیش‌فرض "true" اگر مشخص نشده باشد

noskip-non-coding بولی
رد شدن بدون کدگذاری را "نادرست" کنید

پرش-بی صدا بولی
جهش های بی صدا را از فایل MAF ارائه شده رد کنید

مقدار پیش‌فرض "true" اگر مشخص نشده باشد

noskip-silent بولی
«نادرست» کردن skip-silent

min-mut-genes-per-path عدد صحیح
مسیرهایی با ژن های جهش یافته کمتر از این نادیده گرفته می شوند

مقدار پیش‌فرض '1' اگر مشخص نشده باشد

glm-model-file متن
فایلی که نوع مدل، متغیر پاسخ، متغیرهای کمکی و غیره را برای GLM مشخص می کند
تحلیل و بررسی. (به توضیحات مراجعه کنید).

پردازنده ها عدد صحیح
تعداد پردازنده‌های مورد استفاده در SMG (به بسته‌های «foreach» و «doMC» R نیاز دارد)

مقدار پیش‌فرض '1' اگر مشخص نشده باشد

aa-range عدد صحیح
هنگام جستجوی آمینو اسید در نزدیکی ضربه، میزان نزدیکی یک مسابقه «نزدیک» را تنظیم کنید

مقدار پیش‌فرض '2' اگر مشخص نشده باشد

nuc-range عدد صحیح
هنگام جستجوی موقعیت نوکلئوتیدی در نزدیکی ضربه، میزان نزدیکی یک مسابقه «نزدیک» را تنظیم کنید

مقدار پیش‌فرض '5' اگر مشخص نشده باشد

مرجع ساخت متن
"Build36" یا "Build37" را قرار دهید

مقدار پیش‌فرض «Build37» اگر مشخص نشده باشد

نمایش شناخته شده- بازدید بولی
هنگامی که یک یافته جدید است، AA شناخته شده در آن ژن را نشان دهید

مقدار پیش‌فرض "true" اگر مشخص نشده باشد

noshow-known-hits بولی
نمایش های شناخته شده را "نادرست" کنید

glm-clinical-data-file متن
صفات بالینی، پروفایل های جهش، سایر داده های بالینی مختلط (به توضیحات مراجعه کنید).

use-maf-in-glm بولی
این پرچم را طوری تنظیم کنید که از ماتریس نوع ایجاد شده از فایل MAF به عنوان ورودی متغیر استفاده کند
تجزیه و تحلیل GLM.

مقدار پیش‌فرض 'false' (--nouse-maf-in-glm) اگر مشخص نشده باشد

nouse-maf-in-glm بولی
استفاده از maf-in-glm را "نادرست" کنید

omimaa-dir راه
پوشه پایگاه داده جهش اسید آمینه omim

کیهانی کارگردان راه
پوشه پایگاه داده جهش اسید آمینه کیهانی

واژگان بولی
برای نمایش خروجی کاری بزرگتر روشن کنید

مقدار پیش‌فرض "true" اگر مشخص نشده باشد

بی تکلف بولی
پرمخاطب "نادرست"

بالینی-همبستگی-ماتریس-پرونده متن
به صورت اختیاری ماتریس نمونه در مقابل ژن مورد استفاده داخلی در طول محاسبات ذخیره شود.

شرح

از این دستور می توان برای اجرای تمام ابزارهای تجزیه و تحلیل MuSiC بر روی مجموعه ای از داده ها استفاده کرد. لطفا
برای توضیح بیشتر پارامترها به ابزارهای فردی مراجعه کنید.

AUTHORS

توماس بی. مونی، ام اس

اعتبارات

لطفا اعتبارات را ببینید ژنوم-موسیقی(1).

با استفاده از خدمات onworks.net از genome-music-galaxyp به صورت آنلاین استفاده کنید