این دستور genome-music-mutation-relationp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
ژنوم موسیقی جهش - رابطه - شناسایی روابط همزمانی یا متقابل جهش
انحصار در ژن ها در همه موارد
نسخه
این سند نسخه 0.04 مربوط به جهش موسیقی ژنوم را توصیف می کند (2016-01-01 در
23:10:18)
خلاصه
ژنوم موسیقی جهش-رابطه --bam-list=؟ --maf-file=؟ --output-file=؟
[--mutation-matrix-file=?] [--permutations=?] [--gene-list=?] [--skip-non-coding]
[--پرش-خاموش]
... جهش-رابطه موسیقی \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
-- جایگشت 1000 \
--output-file /path/mutation_relation.csv
مورد نیاز ادله
بام لیست متن
فهرست جداشده از برگه‌های فایل‌های BAM [sample_name، normal_bam، tumor_bam] (به توضیحات مراجعه کنید)
فایل ماف متن
لیست جهش ها در فرمت MAF
فایل خروجی متن
نتایج ابزار ارتباط جهش
اختیاری ادله
mutation-matrix-file متن
به صورت اختیاری ماتریس نمونه در مقابل ژن مورد استفاده در محاسبات را ذخیره کنید.
جابجایی شماره
تعداد جایگشت های مورد استفاده برای تعیین مقادیر P
مقدار پیش‌فرض '100' اگر مشخص نشده باشد
لیست ژن متن
فهرست ژن‌هایی که باید آزمایش شوند، معمولاً SMG. اگر مشخص نباشد، تمام ژن های MAF آزمایش می شوند.
رد شدن-غیر کدگذاری بولی
جهش‌های غیر کدگذاری را از فایل MAF ارائه شده رد کنید
مقدار پیش‌فرض "true" اگر مشخص نشده باشد
noskip-non-coding بولی
رد شدن بدون کدگذاری را "نادرست" کنید
پرش-بی صدا بولی
جهش های بی صدا را از فایل MAF ارائه شده رد کنید
مقدار پیش‌فرض "true" اگر مشخص نشده باشد
noskip-silent بولی
«نادرست» کردن skip-silent
شرح
این ماژول لیستی از جهش ها را در قالب MAF تجزیه می کند و سعی می کند تعیین کند
روابط بین ژن های جهش یافته از یک آزمون همبستگی استفاده می کند تا ببیند آیا وجود دارد یا خیر
دو ژن به طور همزمان (همبستگی مثبت) یا به طور انحصاری متقابل جهش می یابند
(همبستگی منفی). به دلیل امکان تعداد زیادی از جهش ها
موجود در ژن‌های مختلف، مقادیر P با استفاده از جایگشت‌های محدود محاسبه می‌شوند
توزیع تعداد جهش در بین نمونه ها را در نظر بگیرید. در خروجی
فایل، "pand" مقدار P برای رویدادهای جهش همزمان است، و "pexc" مقدار P برای رویدادهای جهش است.
رویدادهای جهش منحصر به فرد متقابل
ادله
--بام-لیست
برای هر کدام یک فایل حاوی نام‌های نمونه و مکان‌های BAM طبیعی/توموری ارائه کنید. استفاده کنید
فرمت جداشده با برگه [نام_نمونه_normal_bam tumor_bam] در هر خط. فقط این ابزار
به sample_name نیاز دارد، بنابراین تمام ستون‌های دیگر را می‌توان نادیده گرفت. نمونه_نام باید باشد
همانند نام‌های نمونه تومور مورد استفاده در فایل MAF (ستون شانزدهم، با هدر
تومور_نمونه_بارکد).
AUTHORS
Nathan D. Dees، Ph.D.
Qunyuan Zhang، Ph.D.
با استفاده از خدمات onworks.net از genome-music-mutation-relationp به صورت آنلاین استفاده کنید
