این دستور gff2ps است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
gff2ps - خروجی گرافیکی PostScript را از فایل های GFF تولید می کند.
خلاصه
gff2ps [گزینه ها] -- gff_files
شرح
این برنامه DotPlot های پر رنگ را از فایل هایی با فیلدهای داده با فرمت gff ترسیم می کند. در
برنامه ویژگی های حاشیه نویسی شده روی یک توالی ژنومی با فرمت GFF را به عنوان ورودی می گیرد و
یک خروجی بصری در پست اسکریپت تولید می کند.
OPTIONS
-h نمایش خلاصه گزینه ها
-H
فقط راهنما را برای گزینه مشخص شده نشان می دهد.
-V حالت پرمخاطب، گزارش کامل به خطای استاندارد ارسال می‌شود (پیش‌فرض فقط ارسال می‌شود
هشدارها).
-v حالت بی صدا: همه هشدارها را غیرفعال کنید، هیچ پیامی به خطای استاندارد ارسال نمی شود.
-d فایل سفارشی پیش فرض را بنویسید (یا در صورت وجود بازنویسی کنید).
-D
یک فایل سفارشی پیش فرض جدید با نام فایل داده شده ایجاد کنید.
-C
فایل سفارشی داده شده را بارگیری کنید و به فایل سفارشی پیش فرض (gff2psrc.) اضافه کنید.
-s
برای تغییر اندازه صفحه مفید است (پیش فرض a4 است).
-p جهت صفحه را به عمودی تغییر می دهد (پیش فرض افقی است).
-G
رنگ را برای FOREGROUND تنظیم می کند (پیش فرض سیاه است).
-g
رنگ را برای پس زمینه تنظیم می کند (پیش فرض سفید است).
-P <#> تعداد صفحات مورد نیاز برای تقسیم خروجی را تنظیم می کند (پیش فرض یک است).
-S <#> اولین نوکلئوتید را بزرگنمایی کنید (پیش فرض منشا توالی است).
-E <#> بزرگنمایی آخرین نوکلئوتید (پیش فرض طول دنباله است).
-B <#> بلوک ها را در هر صفحه تنظیم می کند (پیش فرض یک است).
-N <#> نوکلئوتیدها را در هر خط تنظیم می کند (پیش فرض بزرگترین موقعیت دنباله از ورودی gff- است
فایل ها).
-b بلوک‌ها از چپ به راست و از بالا به پایین (پیش‌فرض ابتدا از بالا به پایین است).
-L سربرگ (ناحیه عنوان) را خاموش کنید.
-T
تعریف عنوان (پیش‌فرض نام فایل gff ورودی است).
-t
تعریف زیرنویس (پیش‌فرض هیچ کدام نیست).
-l شماره گذاری صفحه را نشان نمی دهد.
-O تاریخ را نشان نمی دهد.
-o زمان را نشان نمی دهد.
-M <#> تعداد تیک های اصلی در هر خط (پیش فرض 10).
-K <#> مقیاس نشانه های اصلی در نوکلئوتیدها، پیش فرض طول نوکلئوتید برای خطوط است
تقسیم بر تعداد علامت های اصلی (به گزینه -T مراجعه کنید).
-m <#> تعداد تیک های جزئی بین تیک های اصلی (پیش فرض 10).
-k <#> مقیاس نشانه‌های کوچک در نوکلئوتیدها به‌طور پیش‌فرض، اندازه علامت‌های اصلی تقسیم بر
تعداد علامت های کوچک (به گزینه -t مراجعه کنید).
-w، -f نمایش عناصر رو به جلو (واتسون) را خاموش کنید.
-c، -r نمایش عناصر رشته معکوس (کریک) را خاموش کنید.
-i نمایش عناصر مستقل از رشته را خاموش کنید.
-0
رنگ را برای قاب "0" تنظیم می کند (پیش فرض آبی است).
-1 رنگ را برای قاب "1" تنظیم می کند (پیش فرض قرمز است).
-2 رنگ را برای قاب "2" تنظیم می کند (پیش فرض سبز است).
-3 رنگ را برای قاب "." تنظیم می کند. (پیش فرض نارنجی است).
-n برچسب ها را برای موقعیت عناصر خاموش کنید.
-a خط CopyRight را در طرح خاموش کنید.
محیط زیست متغیرها
سه متغیر محیطی وجود دارد که می تواند توسط کاربران بر اساس اولویت های خود تنظیم شود:
+ می توانید مسیری را مشخص کنید که GFF2PS بتواند فایل های پیش فرض را با پوسته پیدا کند
متغیر "GFF2PS_CFDIR". مقدار پیش فرض مسیری است که در آن GFF2PS را اجرا می کنید.
+ همچنین می توانید نام فایل سفارشی پیش فرض مورد نظر خود را با متغیر تعریف کنید
"GFF2PS_CUSTOMFILE"، نام فایل پیش فرض برنامه برای فایل سفارشی ".gff2psrc" است.
+ GFF2PS باید چند فایل موقت را در یک دایرکتوری با مجوزهای جاری بنویسد
کاربر برای خواندن و نوشتن مسیر پیش فرض دایرکتوری موقت روی " تنظیم شده است/ tmp /" ولی تو می توانی
یک مسیر دایرکتوری موقت متفاوت با استفاده از متغیر "GFF2PS_TMP" اختصاص دهید.
تنظیم آن vars در Bourne-shell (bash):
صادرات GFF2PS_CFDIR="مسیر"
صادر کردن GFF2PS_CUSTOMFILE="file_name"
صادرات GFF2PS_TMP="مسیر"
استفاده از C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "مسیر"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "file_name"
setenv GFF2PS_TMP "مسیر"
نظرات
* رنگ های تعریف شده عبارتند از:
رنگ های اصلی: سیاه و سفید
رنگ های متغیر: بنفش خاکستری بنفش آبی آسمانی آبی فیروزه ای سبز دریایی سبز لیمویی سبز زرد
نارنجی قرمز قهوه ای
شما می توانید پنج سایه رنگ را از Variable Colors با "sight dark"، "dark"، "light" و
پیشوندهای "بسیار سبک". یک مثال: verydarkseagreen darkseagreen seagreen lightseagreen
بسیار سبک دریایی سبز
* اندازه صفحه تعریف شده عبارتند از:
از A0 تا A10، از B0 تا B10، 10x14، اجرایی، برگه، دفتر کل، قانونی، نامه، ربع،
بیانیه و تبلوید.
با استفاده از خدمات onworks.net از gff2ps آنلاین استفاده کنید
