این دستور glam2 است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
glam2 - تراز محلی با شکاف نقوش
خلاصه
glam2 [گزینه های] الفبا my_seqs.fa
الفبای غیر از p or n به عنوان نام یک فایل الفبا تفسیر می شود.
شرح
GLAM2 یک بسته نرم افزاری برای یافتن نقوش در توالی است، معمولاً اسید آمینه یا
توالی های نوکلئوتیدی یک موتیف یک الگوی توالی است که دوباره اتفاق می افتد: نمونه های معمولی عبارتند از
جعبه TATA و موتیف CAAX prenylation. نوآوری اصلی GLAM2 این است که اجازه می دهد
درج و حذف در نقوش.
OPTIONS (پیش‌فرض تنظیمات)
-h
نمایش همه گزینه ها و تنظیمات پیش فرض آنها.
-o
فایل خروجی (stdout).
-r
تعداد اجراهای تراز (10).
-n
هر اجرا را پس از این تعداد تکرار بدون بهبود پایان دهید (10000).
-2
هر دو رشته را بررسی کنید - مکمل رو به جلو و معکوس.
-z
حداقل تعداد دنباله در تراز (2).
-a
حداقل تعداد ستون های تراز شده (2).
-b
حداکثر تعداد ستون های تراز شده (50).
-w
تعداد اولیه ستون های تراز شده (20).
-d
فایل مخلوط دیریکله.
-D
حذف شبه شمار (0.1).
-E
شبه شمار بدون حذف (2.0).
-I
درج شبه شمار (0.02).
-J
شبه شمار بدون درج (1.0).
-q
وزن برای فراوانی باقیمانده عمومی در مقابل مجموعه توالی خاص (1e + 99).
-t
دمای اولیه (1.2).
-c
ضریب خنک کننده در هر n تکرار (1.44).
-u
حد پایین دما (0.1).
-p
اطلاعات پیشرفت را در هر تکرار چاپ کنید.
-m
حرکت نمونه‌برداری ستونی در هر حرکت نمونه‌برداری از سایت (1.0).
-x
الگوریتم نمونه برداری از سایت: 0= سریع 1= آهسته 2=FFT (0).
-s
بذر برای اعداد شبه تصادفی (1).
از glam2 به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
