gmt-music-proximity - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmt music proximity - تجزیه و تحلیل مجاورت را در لیستی از جهش ها انجام دهید.

نسخه

این سند نسخه 0.04 مجاورت موسیقی gmt (2016-01-01 در ساعت 23:10:19) را شرح می دهد.

خلاصه

مجاورت موسیقی gmt --maf-file=؟ --output-file=؟ --output-dir=؟ [--max-proximity=؟]
[--پرش-غیر کدگذاری] [--پرش-خاموش]

... نزدیکی موسیقی \
--maf-file input_dir/myMAF.tsv \
--output-dir output_dir/ \
-- حداکثر نزدیکی 15

مورد نیاز ادله

فایل ماف متن
لیست جهش ها با استفاده از مشخصات TCGA MAF نسخه 2.3

فایل خروجی متن
ALL

خروجی- کارگردان متن
دایرکتوری که فایل های خروجی در آن نوشته خواهند شد

اختیاری ادله

حداکثر نزدیکی متن
حداکثر فاصله مجاز AA بین 2 جهش

مقدار پیش‌فرض '7' اگر مشخص نشده باشد

رد شدن-غیر کدگذاری بولی
جهش‌های غیر کدگذاری را از فایل MAF ارائه شده رد کنید

مقدار پیش‌فرض "true" اگر مشخص نشده باشد

noskip-non-coding بولی
رد شدن بدون کدگذاری را "نادرست" کنید

پرش-بی صدا بولی
جهش های بی صدا را از فایل MAF ارائه شده رد کنید

مقدار پیش‌فرض "true" اگر مشخص نشده باشد

noskip-silent بولی
«نادرست» کردن skip-silent

شرح

این ماژول ابتدا موقعیت اسید آمینه هر جهش را در فایل MAF محاسبه می کند
در رونوشت مربوطه خود سپس برای هر جهش دو مقدار محاسبه می شود: 1)
تعداد جهش های دیگر روی همان رونوشت در محدوده مجاورت تعیین شده توسط
پارامتر ورودی حداکثر نزدیکی، و 2) فاصله تا نزدیکترین جهش دیگر در این
مجموعه نزدیک فقط جهش هایی که جهش دیگری در نزدیکی دارند گزارش می شوند
در فایل خروجی

علاوه بر سرصفحه استاندارد نسخه 2.3 MAF، باید 3 ستون اضافه شود.
این سرصفحه‌های ستون در MAF باید این نام‌ها را در سربرگ به منظور ابزار داشته باشند
برای پیدا کردن آنها:
transscript_name - نام رونوشت، مانند NM_000028 amino_acid_change - آمینو
تغییر اسید، مانند p.R290H
c_position - موقعیت نوکلئوتید تغییر کرد، مانند c.869

خروجی با سرفصل های ستون زیر تولید می شود: Mutations_Within_Proximity،
نزدیکترین_جهش، ژن، رونوشت، اسیدهای آمینه_متأثر، Chr، Start، Stop، Ref_Allele،
Var_Allele، نمونه

AUTHORS

Nathan D. Dees، Ph.D.
دن کوبولت، ام اس
سیریاک کاندوث، Ph.D.

با استفاده از خدمات onworks.net از gmt-music-proximity به صورت آنلاین استفاده کنید