gmx-confrms - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-confrms - برازش دو ساختار و محاسبه RMSD

خلاصه

gmx تایید می کند [-f1 [<.tpr/.gro/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
[-نه [<.ndx>]] [-[اکنون] [-[هیچکس] [-[no]mw] [- [نه] پی سی]
[- [نه] مناسب] [-[بدون نام] [-[بدون] برچسب] [-[no]bfac]

شرح

gmx تایید می کند ریشه میانگین انحراف مربع (RMSD) دو ساختار را بعد از آن محاسبه می کند
حداقل مربعات برازش سازه دوم روی سازه اول. این دو ساختار ندارند
نیاز به داشتن تعداد یکسان اتم، فقط دو گروه شاخص مورد استفاده برای تناسب نیاز دارند
یکسان باشد با -سیب زمینی شیرین فقط از نام اتم های منطبق از گروه های انتخاب شده استفاده خواهد شد
برای محاسبه تناسب و RMSD. این می تواند هنگام مقایسه جهش یافته های یک پروتئین مفید باشد.

ساختارهای روی هم در فایل نوشته می شوند. در یک pdf فایل دو ساختار خواهد بود
به عنوان مدل های جداگانه نوشته شده است (استفاده از رسمول -nmrpdb). همچنین در یک pdf فایل، ضریب B محاسبه شده است
از مقادیر MSD اتمی می توان با آن نوشت -bfac.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f1 [<.tpr/.gro/...>] (conf1.gro)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp Tpr

-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.gro/.g96/...>] (fit.pdb)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp

-نه [<.ndx>] (match.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه های دیگر:

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-[هیچکس (نه)
فقط ساختار متناسب را در فایل بنویسید

-[no]mw (آره)
اتصالات وزنی و RMSD

- [نه] پی سی (نه)
سعی کنید دوباره مولکول ها را کامل کنید

- [نه] مناسب (آره)
حداقل مربعات ساختار هدف را با مرجع برهم نهی کنید

-[بدون نام (نه)
فقط نام اتم های منطبق را مقایسه کنید

-[بدون] برچسب (نه)
برچسب های زنجیره ای A برای ساختار اول و B برای ساختار دوم اضافه شد

-[no]bfac (نه)
خروجی فاکتورهای B از مقادیر MSD اتمی

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-confrms به صورت آنلاین استفاده کنید