این دستور gmx_d است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
gmx - مجموعه شبیه سازی دینامیک مولکولی
خلاصه
gmx [- [نه] ساعت] [- [نه] ساکت] [- [بدون] نسخه] [- [بدون] حق چاپ] [-خوب ]
[-[نه]پشتیبان]
شرح
GROMACS مجموعه ای کامل از برنامه ها برای انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی است.
به عنوان مثال، برای شبیه سازی رفتار سیستم ها با صدها تا میلیون ها ذره با استفاده از
معادلات حرکت نیوتنی این در درجه اول برای تحقیقات در مورد پروتئین ها، لیپیدها و
پلیمرها، اما می توانند در طیف گسترده ای از تحقیقات شیمیایی و بیولوژیکی استفاده شوند
جواب سوال
OPTIONS
گزینه های دیگر:
- [نه] ساعت (نه)
راهنما را چاپ کنید و از آن خارج شوید
- [نه] ساکت (نه)
اطلاعات راه اندازی یا نقل قول های رایج را چاپ نکنید
- [بدون] نسخه (نه)
اطلاعات نسخه توسعه یافته را چاپ کنید و از آن خارج شوید
- [بدون] حق چاپ (آره)
چاپ اطلاعات حق چاپ در هنگام راه اندازی
-خوب (19)
سطح زیبا را تنظیم کنید (پیش فرض بستگی به دستور دارد)
-[نه]پشتیبان (آره)
در صورت وجود فایل های خروجی، پشتیبان بنویسید
جی ام ایکس دستورات
دستورات زیر در دسترس هستند. لطفاً به صفحات شخصی آنها مراجعه کنید یا gmx
کمک برای اطلاعات بیشتر.
مسیر تحلیل
gmx-gangle(1)
محاسبه زوایا
gmx-distance(1)
محاسبه فاصله بین جفت موقعیت
gmx-freevolume(1)
محاسبه حجم آزاد
gmx-pairdist(1)
فواصل بین گروهی از موقعیت ها را به صورت زوجی محاسبه کنید
gmx-rdf(1)
محاسبه توابع توزیع شعاعی
gmx-sasa(1)
مساحت سطح قابل دسترس حلال را محاسبه کنید
gmx-انتخاب کنید(1)
چاپ اطلاعات کلی در مورد انتخاب
مولد توپولوژی و مختصات
gmx-editconf(1)
کادر را ویرایش کنید و زیر گروه ها را بنویسید
gmx-x2top(1)
یک توپولوژی اولیه از مختصات ایجاد کنید
gmx-solvate(1)
حل کردن یک سیستم
gmx-insert-molecules(1)
مولکول ها را در جای خالی موجود قرار دهید
gmx-genconf(1)
یک ترکیب را در جهت گیری های "تصادفی" ضرب کنید
gmx-genion(1)
تولید یون های تک اتمی در موقعیت های انرژی مطلوب
gmx-genrestr(1)
محدودیت های موقعیت یا محدودیت های فاصله ای را برای گروه های شاخص ایجاد کنید
gmx-pdb2gmx(1)
فایل های مختصات را به توپولوژی و فایل های مختصات سازگار با FF تبدیل کنید
محل دویدن و پیاده روی a شبیه سازی
gmx-grompp(1)
یک فایل ورودی اجرا کنید
gmx-mdrun(1)
یک شبیه سازی انجام دهید، یک تحلیل حالت عادی یا یک کمینه سازی انرژی انجام دهید
gmx-convert-tpr(1)
یک فایل run-input اصلاح شده بسازید
مشاهده مسیرها
gmx-nmtraj(1)
یک مسیر نوسانی مجازی از یک بردار ویژه ایجاد کنید
gmx-view(1)
یک مسیر را در ترمینال X-Windows مشاهده کنید
پردازش انرژی
gmx-enemat(1)
استخراج یک ماتریس انرژی از یک فایل انرژی
gmx-energy(1)
انرژی ها را روی فایل های xvg می نویسد و میانگین ها را نمایش می دهد
gmx-mdrun(1)
(دوباره انرژی ها را برای فریم های مسیر با اجرای مجدد محاسبه کنید
در حال تبدیل فایل ها
gmx-editconf(1)
تبدیل و دستکاری فایل های ساختاری
gmx-eneconv(1)
تبدیل فایل های انرژی
gmx-sigeps(1)
ترکیبات c6/12 یا c6/cn را به و از سیگما/اپسیلون تبدیل کنید
gmx-trjcat(1)
به هم پیوستن فایل های مسیر
gmx-trjconv(1)
تبدیل و دستکاری فایل های مسیر
gmx-xpm2ps(1)
ماتریس های XPM (XPixelMap) را به پست اسکریپت یا XPM تبدیل کنید
ابزار
gmx-analyze(1)
تجزیه و تحلیل مجموعه داده ها
gmx-dyndom(1)
درون یابی و برون یابی چرخش های ساختاری
gmx-filter(1)
مسیرهای فیلتر فرکانس، مفید برای ساخت فیلم های روان
gmx-lie(1)
انرژی آزاد را از ترکیبات خطی تخمین بزنید
gmx-morph(1)
بین ترکیبات را به صورت خطی درون یابی کنید
gmx-pme_error(1)
خطای استفاده از PME با یک فایل ورودی داده شده را تخمین بزنید
gmx-sham(1)
انرژی های آزاد یا هیستوگرام های دیگر را از هیستوگرام ها محاسبه کنید
gmx-spatial(1)
محاسبه تابع توزیع فضایی
gmx-traj(1)
نمودار x، v، f، جعبه، دما و انرژی دورانی از مسیرها
gmx-tune_pme(1)
زمان mdrun به عنوان تابعی از رتبه های PME برای بهینه سازی تنظیمات
gmx-wham(1)
انجام تجزیه و تحلیل هیستوگرام وزنی پس از نمونه برداری چتری
gmx-check(1)
بررسی و مقایسه فایل ها
gmx-dump(1)
فایل های باینری را برای انسان خوانا کنید
gmx-make_ndx(1)
فایل های شاخص بسازید
gmx-mk_angndx(1)
ایجاد فایل های شاخص برای "gmx angle"
gmx-trjorder(1)
مولکول ها را بر اساس فاصله آنها تا یک گروه مرتب کنید
gmx-xpm2ps(1)
ماتریس های XPM (XPixelMap) را به پست اسکریپت یا XPM تبدیل کنید
فاصله میان ساختار
gmx-cluster(1)
ساختارهای خوشه ای
gmx-confrms(1)
برازش دو ساختار و محاسبه RMSD
gmx-rms(1)
RMSD ها را با ساختار مرجع و ماتریس های RMSD محاسبه کنید
gmx-rmsf(1)
نوسانات اتمی را محاسبه کنید
فاصله in ساختار روی زمان
gmx-mindist(1)
حداقل فاصله بین دو گروه را محاسبه کنید
gmx-mdmat(1)
محاسبه نقشه های تماس باقی مانده
gmx-polystat(1)
محاسبه خواص استاتیکی پلیمرها
gmx-rmsdist(1)
میانگین فاصله های جفت اتم را با توان -2، -3 یا -6 محاسبه کنید
توده توزیع املاک روی زمان
gmx-gyrate(1)
شعاع چرخش را محاسبه کنید
gmx-msd(1)
میانگین جابجایی های مربع را محاسبه می کند
gmx-polystat(1)
محاسبه خواص استاتیکی پلیمرها
gmx-rdf(1)
محاسبه توابع توزیع شعاعی
gmx-rotacf(1)
تابع همبستگی چرخشی مولکول ها را محاسبه کنید
gmx-rotmat(1)
ماتریس چرخش را برای اتصال به یک ساختار مرجع رسم کنید
gmx-sans(1)
طیف های پراکندگی نوترون زاویه کوچک را محاسبه کنید
gmx-saxs(1)
طیف های پراکندگی پرتو ایکس با زاویه کوچک را محاسبه کنید
gmx-traj(1)
نمودار x، v، f، جعبه، دما و انرژی دورانی از مسیرها
gmx-vanhove(1)
توابع جابجایی و همبستگی ون هوو را محاسبه کنید
تجزیه و تحلیل پیوند خورده فعل و انفعالات
gmx-angle(1)
محاسبه توزیع و همبستگی برای زوایا و دو وجهی
gmx-mk_angndx(1)
ایجاد فایل های شاخص برای "gmx angle"
ساختمانی املاک
gmx-anadock(1)
ساختارهای خوشه ای از اجرای Autodock
gmx-bundle(1)
دسته های محور، به عنوان مثال، مارپیچ را تجزیه و تحلیل کنید
gmx-clustsize(1)
محاسبه توزیع اندازه خوشه های اتمی
gmx-disre(1)
محدودیت های فاصله را تجزیه و تحلیل کنید
gmx-hbond(1)
محاسبه و تجزیه و تحلیل پیوندهای هیدروژنی
gmx-order(1)
پارامتر ترتیب هر اتم را برای دم کربن محاسبه کنید
gmx-principal(1)
محورهای اصلی اینرسی را برای گروهی از اتم ها محاسبه کنید
gmx-rdf(1)
محاسبه توابع توزیع شعاعی
gmx-saltbr(1)
محاسبه پل های نمکی
gmx-sorient(1)
جهت گیری حلال در اطراف املاح را تجزیه و تحلیل کنید
gmx-spol(1)
جهت گیری دوقطبی حلال و قطبش در اطراف املاح را تجزیه و تحلیل کنید
جنبشی املاک
نوار gmx(1)
تخمین تفاوت انرژی آزاد را از طریق نسبت پذیرش بنت محاسبه کنید
gmx-current(1)
محاسبه ثابت دی الکتریک و تابع خودهمبستگی جریان
gmx-dos(1)
چگالی حالت ها و ویژگی ها را بر اساس آن تجزیه و تحلیل کنید
gmx-dyecoupl(1)
استخراج دینامیک رنگ از مسیرها
gmx-principal(1)
محورهای اصلی اینرسی را برای گروهی از اتم ها محاسبه کنید
gmx-tcaf(1)
ویسکوزیته مایعات را محاسبه کنید
gmx-traj(1)
نمودار x، v، f، جعبه، دما و انرژی دورانی از مسیرها
gmx-vanhove(1)
توابع جابجایی و همبستگی ون هوو را محاسبه کنید
gmx-velacc(1)
محاسبه توابع خودهمبستگی سرعت
الکترواستاتیک املاک
gmx-current(1)
محاسبه ثابت دی الکتریک و تابع خودهمبستگی جریان
gmx-دی الکتریک(1)
ثابت دی الکتریک وابسته به فرکانس را محاسبه کنید
gmx-دوقطبی(1)
دوقطبی کل به اضافه نوسانات را محاسبه کنید
gmx-potential(1)
پتانسیل الکترواستاتیک در سراسر جعبه را محاسبه کنید
gmx-spol(1)
جهت گیری دوقطبی حلال و قطبش در اطراف املاح را تجزیه و تحلیل کنید
gmx-genion(1)
تولید یون های تک اتمی در موقعیت های انرژی مطلوب
پروتئین خاص تحلیل
gmx-do_dssp(1)
ساختار ثانویه را تعیین کنید و سطح قابل دسترسی حلال را محاسبه کنید
gmx-chi(1)
همه چیزهایی را که می خواهید در مورد چی و سایر دو وجهی ها بدانید محاسبه کنید
gmx-helix(1)
محاسبه خواص پایه مارپیچ آلفا
gmx-helixorient(1)
گام / خم / چرخش / جهت گیری محلی را در داخل مارپیچ ها محاسبه کنید
gmx-rama(1)
نمودارهای راماچاندران را محاسبه کنید
gmx-wheel(1)
چرخ های مارپیچ را ترسیم کنید
واسط
gmx-bundle(1)
دسته های محور، به عنوان مثال، مارپیچ را تجزیه و تحلیل کنید
gmx-density(1)
چگالی سیستم را محاسبه کنید
gmx-densmap(1)
نقشه های چگالی مسطح دوبعدی یا محوری-شعاعی را محاسبه کنید
gmx-densorder(1)
محاسبه نوسانات سطح
gmx-h2order(1)
جهت گیری مولکول های آب را محاسبه کنید
gmx-hydorder(1)
پارامترهای چهار وجهی را در اطراف یک اتم معین محاسبه کنید
gmx-order(1)
پارامتر ترتیب هر اتم را برای دم کربن محاسبه کنید
gmx-potential(1)
پتانسیل الکترواستاتیک در سراسر جعبه را محاسبه کنید
کواریانس تحلیل
gmx-anaeig(1)
بردارهای ویژه را تحلیل کنید
gmx-covar(1)
ماتریس کوواریانس را محاسبه و مورب کنید
gmx-make_edi(1)
فایل های ورودی را برای نمونه برداری دینامیک ضروری ایجاد کنید
معمولی حالت های
gmx-anaeig(1)
حالت های عادی را تحلیل کنید
gmx-nmeig(1)
برای تحلیل حالت عادی، هسین را مورب کنید
gmx-nmtraj(1)
یک مسیر نوسانی مجازی از یک بردار ویژه ایجاد کنید
gmx-nmens(1)
مجموعه ای از ساختارها را از حالت های معمولی ایجاد کنید
gmx-grompp(1)
یک فایل ورودی اجرا کنید
gmx-mdrun(1)
حداقل انرژی پتانسیل را پیدا کنید و هسین را محاسبه کنید
کپی رایت
2015، تیم توسعه گرومکس
از gmx_d به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
