gmx-density - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-density - چگالی سیستم را محاسبه کنید

خلاصه

چگالی gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-یی [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[اکنون] [-xvg ] [-d ]
[-SL ] [-لانه ها ] [-ng ] [-[بدون] مرکز]
[-[no]symm] [- [نه] خویشاوند]

شرح

gmx چگالی با استفاده از یک فایل فهرست، چگالی جزئی را در سراسر کادر محاسبه می کند.

برای چگالی کل شبیه‌سازی‌های NPT، استفاده کنید gmx انرژی به جای آن.

گزینه مرکز پیوند هیستوگرام را نسبت به مرکز یک دلخواه انجام می دهد
گروه، در مختصات جعبه مطلق. اگر نمایه ها را در امتداد کادر محور Z محاسبه می کنید
بعد bZ، خروجی از -bZ/2 تا bZ/2 خواهد بود اگر بر اساس کل سیستم متمرکز شوید.
توجه داشته باشید که این رفتار در GROMACS 5.0 تغییر کرده است. نسخه های قبلی فقط یک را انجام می دادند
باینینگ استاتیک در (0,bZ) و تغییر خروجی. اکنون مرکز هر فریم را محاسبه می کنیم
و در (-bZ/2,bZ/2) قرار دهید.

گزینه سیمم خروجی را در اطراف مرکز متقارن می کند. این به طور خودکار روشن می شود
مرکز هم. گزینه -نسبت فامیلی باینینگ را به صورت نسبی به جای جعبه مطلق انجام می دهد
خروجی نهایی را با ابعاد جعبه متوسط ​​در امتداد خروجی هماهنگ می کند و مقیاس می کند
محور. این را می توان در ترکیب با مرکز.

چگالی ها بر حسب kg/m^3 هستند و چگالی عددی یا چگالی الکترونی نیز می تواند باشد
محاسبه شد. برای چگالی الکترون ها، فایلی که تعداد الکترون ها را برای هر کدام توضیح می دهد
نوع اتم باید با استفاده از -یی. باید شبیه به این باشد:

2
اتم نام = nrelectrons
اتم نام = nrelectrons

خط اول شامل تعداد خطوطی است که باید از فایل خوانده شود. باید یکی باشه
خط برای هر نام اتم منحصر به فرد در سیستم شما. تعداد الکترون برای هر اتم است
با بار جزئی اتمی آن اصلاح شده است.

ملاحظات مهم برای دولایه

یکی از رایج ترین سناریوهای استفاده، محاسبه چگالی گروه های مختلف است
در سراسر یک دولایه لیپیدی، معمولاً با محور z در جهت طبیعی است. به طور خلاصه
شبیه‌سازی‌ها، سیستم‌های کوچک و اندازه‌های ثابت جعبه این کار به خوبی کار می‌کند، اما برای موارد بیشتر
حالت کلی دو لایه لیپیدی می تواند پیچیده باشد. اولین مشکل که در حالی که هر دو
پروتئین ها و لیپیدها تراکم پذیری حجمی کمی دارند، لیپیدها دارای مساحت بسیار بالایی هستند
قابلیت تراکم پذیری این بدان معنی است که شکل جعبه (ضخامت و سطح / چربی) نوسان خواهد داشت
حتی برای یک سیستم کاملاً آرام. از آنجایی که GROMAC جعبه را بین
مبدا و مختصات مثبت، این به نوبه خود به این معنی است که یک لایه دوگانه در مرکز جعبه قرار دارد
به دلیل این نوسانات کمی به سمت بالا/پایین حرکت می کند و نمایه شما را از بین می برد. ساده ترین
راه حل این مشکل (اگر کوپلینگ فشار می خواهید) استفاده از آن است مرکز گزینه ای که
مشخصات چگالی را با توجه به مرکز جعبه محاسبه می کند. توجه داشته باشید که می توانید
حتی اگر یک سیستم پیچیده غیر متقارن با a داشته باشید، همچنان روی قسمت دولایه متمرکز شوید
دولایه و مثلاً پروتئین های غشایی - در این صورت خروجی ما به سادگی مقادیر بیشتری روی یکی خواهد داشت
سمت مرجع (مرکز) مبدا.

حتی محاسبه متمرکز منجر به لکه دار شدن نمایه های خروجی می شود
خود لیپیدها فشرده و منبسط می شوند. در بیشتر موارد احتمالاً این را می خواهید (از آنجا که
این مربوط به آزمایش های ماکروسکوپی است)، اما اگر می خواهید به جزئیات مولکولی نگاه کنید
شما می توانید از -نسبت فامیلی گزینه ای برای تلاش برای حذف حتی بیشتر از اثرات حجم
نوسانات

در نهایت، دو لایه بزرگ که تحت کشش سطحی نیستند، موجی از خود نشان خواهند داد
نوسانات، جایی که "امواج" در سیستم تشکیل می شود. این یک امر اساسی است
ویژگی سیستم بیولوژیکی، و اگر در حال مقایسه با آزمایشات هستید، احتمالاً
می‌خواهید اثر لکه‌دار موج‌دار را نیز در بر بگیرد.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-یی [<.dat>] (electrons.dat) (اختیاری)
فایل داده های عمومی

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xvg>] (density.xvg)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-d (از جانب)
حالت نرمال را روی غشا در جهت X، Y یا Z بگیرید.

-SL (50)
جعبه را به این تعداد برش تقسیم کنید.

-لانه ها (جرم)
چگالی: جرم، عدد، بار، الکترون

-ng (1)
تعداد گروه هایی که چگالی آنها را محاسبه می کند.

-[بدون] مرکز (نه)
باینینگ را نسبت به مرکز کادر (در حال تغییر) انجام دهید. مفید برای
دو لایه

-[no]symm (نه)
چگالی را در امتداد محور با توجه به مرکز متقارن کنید. مفید برای
دو لایه

- [نه] خویشاوند (نه)
از مختصات نسبی برای تغییر جعبه ها استفاده کنید و خروجی را بر اساس ابعاد متوسط ​​مقیاس کنید.

شناخته شده مسائل

· هنگام محاسبه چگالی الکترون ها، به جای انواع از نام اتم ها استفاده می شود. این بد است.

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-density به صورت آنلاین استفاده کنید