gmx-densorder - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-densorder - نوسانات سطح را محاسبه کنید

خلاصه

متراکم کننده gmx [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [و یا [<.out> [...]]] [-og [<.xpm> [...]]]
[-شخصیت [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[اکنون] [-[no] 1d] [-بله ]
[-bwn ] [-سفارش ] [-محور ]
[-روش ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblock ] [-سطح ]

شرح

gmx متراکم کننده توزیع چگالی دو فازی در امتداد یک محور را که بر روی یک MD محاسبه می شود، کاهش می دهد
مسیر، به سطوح 2 بعدی نوسان در زمان، با تناسب با مشخصات عملکردی برای
تراکم های سطحی یک نمایش مکانی میانگین زمانی از رابط ها می تواند باشد
خروجی با گزینه -tavg.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-n [<.ndx>] (index.ndx)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.dat>] (Density4D.dat) (اختیاری)
فایل داده های عمومی

و یا [<.out> [...]] (Hello.out) (اختیاری)
فایل خروجی عمومی

-og [<.xpm> [...]] (interface.xpm) (اختیاری)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

-شخصیت [<.out> [...]] (intfspect.out) (اختیاری)
فایل خروجی عمومی

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-[no] 1d (نه)
هندسه رابط شبه 1d

-بله (0.2)
پهنای بین توزیع چگالی مماس بر رابط

-bwn (0.05)
پهنای بین توزیع چگالی نرمال به رابط

-سفارش (0)
ترتیب فیلتر گاوسی، مرتبه 0 برابر با NO فیلتر است

-محور (از جانب)
جهت محور - X، Y یا Z

-روش (نصف)
روش مکان یابی رابط: دوقسمتی، کاربردی

-d1 (0)
چگالی ظاهری فاز 1 (در z کوچک)

-d2 (1000)
چگالی ظاهری فاز 2 (در z بزرگ)

-tblock (100)
تعداد فریم ها در یک میانگین بلوک زمانی

-سطح (100)
تعداد سطوح ارتفاع در 2 بعدی - XPixMaps

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-densorder به صورت آنلاین استفاده کنید