gmx-energy - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-energy - انرژی ها را روی فایل های xvg می نویسد و میانگین ها را نمایش می دهد

خلاصه

انرژی gmx [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-ویول [<.xvg>]] [-جفت [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]]
[-ort [<.xvg>]] [-اودا [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-اتن [<.xvg>]] [-کور [<.xvg>]]
[-وی [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-اوده [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[اکنون] [-xvg ] [-[بدون هزینه]
[-fetemp ] [-زرو ] [- [بدون] جمع] [-[no]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [- [نه] موتوت] [-پرش ]
[- [نه] اوور] [-nmol ] [-[no]fluct_props]
[-[no]driftcorr] [- [بدون] fluc] [-[نه]اورینست] [-[no]ovec]
[-اکفلن ] [-[نه] عادی کردن] [-P ]
[-fitfn ] [-شروع ] [-endfit ]

شرح

gmx انرژی اجزای انرژی یا داده های محدودیت فاصله را از یک فایل انرژی استخراج می کند. در
از کاربر خواسته می شود تا به صورت تعاملی شرایط انرژی مورد نظر را انتخاب کند.

میانگین، RMSD و رانش با دقت کامل از شبیه سازی محاسبه می شوند (نگاه کنید به
کتابچه راهنمای چاپ شده). دریفت با انجام برازش حداقل مربعات داده ها به a محاسبه می شود
خط مستقیم. دریفت کل گزارش شده تفاوت برازش در اول و آخر است
نقطه. تخمین خطای میانگین بر اساس میانگین بلوک بیش از 5 بلوک داده می شود
با استفاده از میانگین های با دقت کامل تخمین خطا را می توان در چندین بلوک انجام داد
طول با گزینه ها -nbmin و -nbmax. توجه داشته باشید که در بیشتر موارد فایل های انرژی
شامل میانگین‌هایی در تمام مراحل MD، یا بیش از نقاط بسیار بیشتر از تعداد فریم‌های موجود است
فایل انرژی این باعث می شود gmx انرژی آمار خروجی دقیق تر از xvg
خروجی زمانی که میانگین های دقیق در پرونده انرژی وجود نداشته باشد، آمار ذکر شده است
در بالا به سادگی بیش از مقادیر انرژی تک فریم هستند.

اصطلاح نوسان به RMSD حول برازش حداقل مربعات می دهد.

برخی از ویژگی های وابسته به نوسان را می توان با شرایط صحیح انرژی محاسبه کرد
انتخاب شده اند و گزینه خط فرمان -fluct_props داده شده است. به شرح زیر
خواص محاسبه خواهد شد:

┌────────────────────────────────┬──────────────── ─────┐
│مالک │ شرایط انرژی مورد نیاز │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│ ظرفیت گرمایی C_p (NPT sims): │ آنتالپی، دما │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│ظرفیت حرارتی C_v (NVT sims): │ Etot، Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│ضریب انبساط حرارتی. (NPT): │ آنتالپی، جلد، دما │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│تراکم پذیری همدما: │ حجم، دما │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│مدول حجیم آدیاباتیک: │ حجم، دما │
└────────────────────────────────┴──────────────── ─────┘

شما همیشه باید تعداد مولکول ها را تنظیم کنید -nmol. محاسبات C_p/C_v انجام می دهند نه
شامل هرگونه تصحیح برای اثرات کوانتومی باشد. استفاده کنید gmx داس در صورت نیاز برنامه ریزی کنید (و
شما انجام می دهید).

هنگامی که -ویول گزینه تنظیم شده است، میانگین زمان تخلفات ترسیم شده و اجرا می شود
میانگین زمانی و مجموع آنی تخلفات مجدداً محاسبه می شود. علاوه بر این در حال اجرا
فواصل میانگین زمانی و لحظه ای بین جفت های انتخاب شده را می توان با نمودار ترسیم کرد
-جفت گزینه.

گزینه -ora, -ort, -اودا, -odr و -odt برای تجزیه و تحلیل داده های محدودیت جهت گیری استفاده می شود.
دو گزینه اول جهت را ترسیم می کنند، سه گزینه آخر انحرافات را نشان می دهند
جهت گیری از مقادیر تجربی گزینه هایی که به یک "a" ختم می شوند
میانگین در طول زمان به عنوان تابعی از محدودیت. گزینه هایی که به علامت 't' ختم می شوند، عبارت را تحریک می کنند
کاربر برای اعداد برچسب محدود و رسم داده ها به عنوان تابعی از زمان. گزینه -odr
انحراف RMS را به عنوان تابعی از مهار ترسیم می کند. زمانی که اجرا از زمان یا گروه استفاده کرد
محدودیت های جهت گیری متوسط، گزینه اورینست می تواند برای تجزیه و تحلیل لحظه ای استفاده شود،
نه جهت گیری ها و انحرافات متوسط ​​گروهی به جای زمان و مجموعه
میانگین ها

گزینه -اتن مقادیر ویژه تانسور مرتبه مولکولی را برای هر جهت نشان می دهد
آزمایش مهار با گزینه -ovec همچنین بردارهای ویژه رسم می شوند.

گزینه -اوده داده های انرژی آزاد را استخراج و ترسیم می کند (تفاوت های همیلتوئی و/یا
مشتق هامیلتونی dhdl) از ener.edr فایل.

با -هزینه تخمینی برای اختلاف انرژی آزاد با گاز ایده آل محاسبه می شود
حالت:

دلتا A = A(N,V,T) - A_idealgas(N,V,T) = kT ln( )
دلتا G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

که در آن k ثابت بولتزمن است، T با تنظیم شده است -fetemp و میانگین بیش از گروه است
(یا زمان در یک مسیر). توجه داشته باشید که این در اصل فقط در صورت میانگین گیری صحیح است
در کل مجموعه (بولتزمن) و با استفاده از انرژی پتانسیل. این نیز اجازه می دهد
تخمین آنتروپی با استفاده از:

دلتا S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - دلتا A)/T
دلتا S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + pV - دلتا G)/T

هنگامی که یک فایل انرژی دوم مشخص می شود (-f2، یک تفاوت انرژی آزاد محاسبه می شود:

dF = -kT ln( _آ) ،

که در آن E_A و E_B انرژی های فایل های انرژی اول و دوم و میانگین هستند
بر روی مجموعه A است. میانگین جاری اختلاف انرژی آزاد به a چاپ می شود
فایل مشخص شده توسط -ravg. توجه داشته باشید که هر دو انرژی باید از یکسان محاسبه شوند
مسیر حرکت

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.edr>] (ener.edr)
فایل انرژی

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (اختیاری)
فایل انرژی

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (اختیاری)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xvg>] (energy.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-ویول [<.xvg>] (violaver.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-جفت [<.xvg>] (pairs.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-ora [<.xvg>] (orienta.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-ort [<.xvg>] (orientt.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-اودا [<.xvg>] (orideva.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-اتن [<.xvg>] (oriten.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-کور [<.xvg>] (enecorr.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-وی [<.xvg>] (visco.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-اوده [<.xvg>] (dhdl.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-[بدون هزینه (نه)
یک برآورد انرژی رایگان انجام دهید

-fetemp (300)
دمای مرجع برای محاسبه انرژی آزاد

-زرو (0)
انرژی نقطه صفر را کم کنید

- [بدون] جمع (نه)
عبارات انرژی انتخاب شده را به جای نمایش همه آنها جمع کنید

-[no]dp (نه)
انرژی های چاپ با دقت بالا

-nbmin (5)
حداقل تعداد بلوک برای تخمین خطا

-nbmax (5)
حداکثر تعداد بلوک برای تخمین خطا

- [نه] موتوت (نه)
گشتاور دوقطبی کل را از اجزاء محاسبه کنید

-پرش (0)
از تعداد فریم ها بین نقاط داده پرش کنید

- [نه] اوور (نه)
همچنین میانگین دقیق و rmsd ذخیره شده در فریم های انرژی را چاپ کنید (فقط زمانی که 1 ترم باشد
درخواست شده است)

-nmol (1)
تعداد مولکول ها در نمونه شما: انرژی ها بر این عدد تقسیم می شوند

-[no]fluct_props (نه)
محاسبه خواص بر اساس نوسانات انرژی، مانند ظرفیت گرمایی

-[no]driftcorr (نه)
فقط برای محاسبات خواص نوسانات مفید است. رانش در
قبل از محاسبه خواص نوسان، قابل مشاهده ها کم می شوند.

- [بدون] fluc (نه)
خود همبستگی نوسانات انرژی را به جای خود انرژی محاسبه کنید

-[نه]اورینست (نه)
تجزیه و تحلیل داده های جهت گیری آنی

-[no]ovec (نه)
همچنین بردارهای ویژه را با -اتن

-اکفلن (-1)
طول ACF، پیش‌فرض نصف تعداد فریم‌ها است

-[نه] عادی کردن (آره)
ACF را عادی کنید

-P (0)
ترتیب چند جمله ای لژاندر برای ACF (0 نشان دهنده هیچ کدام): 0، 1، 2، 3

-fitfn (هیچ)
تابع Fit: none، exp، aexp، exp_exp، exp5، exp7، exp9

-شروع (0)
زمان شروع برازش نمایی تابع همبستگی

-endfit (-1)
زمان پایان برازش نمایی تابع همبستگی، -1 است تا زمانی که
پایان

از gmx-energy به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید