gmx-genion - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-genion - یون های تک اتمی را در موقعیت های انرژی مطلوب تولید می کند

خلاصه

gmx genion [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-p [<.top>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-np ] [-pname ]
[-pq ] [-nn ] [-nname ] [-nq ]
[-rmin ] [-بذر ] [-conc ] [- [نه] خنثی]

شرح

gmx نسل به طور تصادفی مولکول های حلال را با یون های تک اتمی جایگزین می کند. گروه حلال
مولکول ها باید پیوسته باشند و همه مولکول ها باید تعداد اتم های یکسانی داشته باشند.
کاربر باید مولکول های یون را به فایل توپولوژی اضافه کند یا از آن استفاده کند -p گزینه ای برای
به طور خودکار توپولوژی را تغییر دهید.

نام نوع مولکول یون، باقیمانده و اتم در همه میدان‌های نیرو با حروف بزرگ نوشته می‌شود
نام عناصر بدون علامت نام این مولکول باید با آن داده شود -pname or -nnameو
la [مولکول ها] بخش توپولوژی شما بر این اساس، یا با دست یا با به روز رسانی می شود -p.
به جای آن از نام اتم استفاده نکنید!

یون‌هایی که می‌توانند حالت‌های بار متعدد داشته باشند، تعدد را بدون علامت اضافه می‌کنند
فقط ایالت های غیر معمول

برای یون های بزرگتر، به عنوان مثال، ما استفاده از سولفات را توصیه می کنیم gmx درج-مولکول ها.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی/خروجی:

-p [<.top>] (topol.top) (اختیاری)
فایل توپولوژی

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp

گزینه های دیگر:

-np (0)
تعداد یون های مثبت

-pname (N / A)
نام یون مثبت

-pq (1)
شارژ یون مثبت

-nn (0)
تعداد یونهای منفی

-nname (CL)
نام یون منفی

-nq (-1)
بار یون منفی

-rmin (0.6)
حداقل فاصله بین یون ها

-بذر (1993)
بذر برای مولد اعداد تصادفی

-conc (0)
غلظت نمک (مول در لیتر) را مشخص کنید. این یون های کافی برای رسیدن به بالا اضافه می کند
به غلظت مشخصی که از حجم سلول در ورودی محاسبه می شود
tpr فایل. را لغو می کند -np و -nn گزینه.

- [نه] خنثی (نه)
این گزینه به اندازه کافی یون برای خنثی کردن سیستم اضافه می کند. این یون ها اضافه می شوند
بالای آنهایی که با -np/-nn or -conc.

شناخته شده مسائل

· اگر غلظت نمک را مشخص کنید یون های موجود در نظر گرفته نمی شوند. در اثر
بنابراین مقدار نمکی که باید اضافه شود را مشخص کنید.

از gmx-genion به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید