gmx-morph - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-morph - بین ترکیبات به صورت خطی درون یابی کنید

خلاصه

شکل gmx [-f1 [<.gro/.g96/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [و یا [<.xvg>]] [-[اکنون]
[-xvg ] [-نه مدت ] [-اولین ]
[-آخر ] [- [نه] مناسب]

شرح

gmx جلوه های ویژه گرافیکی یک درونیابی خطی از رونوشت ها به منظور ایجاد حدواسط انجام می دهد.
البته اینها کاملا غیر فیزیکی هستند، اما ممکن است سعی کنید خود را توجیه کنید.
خروجی به شکل یک خط سیر عمومی است. تعداد واسطه ها می تواند باشد
کنترل شده با -نه مدت پرچم. پرچم اول و آخر مطابق با روش است
درون یابی: 0 مربوط به ساختار ورودی 1 و 1 مربوط به ساختار ورودی است
2. اگر مشخص کنید -اولین < 0 یا -آخر > 1 برون یابی در مسیر ورودی خواهد بود
ساختار x_1 تا x_2. به طور کلی، مختصات میانی x(i) از N کل
واسطه ها مربوط به:

x(i) = x_1 + (اول+(i/(N-1))*(آخرین-اول))*(x_2-x_1)

در نهایت RMSD با توجه به هر دو ساختار ورودی را می توان در صورت صریح محاسبه کرد
انتخاب شد (و یا گزینه). در آن صورت، ممکن است یک فایل فهرست برای انتخاب گروه خوانده شود
که RMS محاسبه می شود.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f1 [<.gro/.g96/...>] (conf1.gro)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp Tpr

-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp Tpr

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xtc/.trr/...>] (interm.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

و یا [<.xvg>] (rms-interm.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-نه مدت (11)
تعداد واسطه ها

-اولین (0)
مربوط به اولین ساختار تولید شده است (0 ورودی x_1 است، به بالا مراجعه کنید)

-آخر (1)
مربوط به آخرین ساختار تولید شده است (1 ورودی x_2 است، به بالا مراجعه کنید)

- [نه] مناسب (آره)
قبل از درونیابی، برازش حداقل مربعات ساختار دوم به اولین را انجام دهید

از gmx-morph آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید