این دستور gmx-nmeig است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
gmx-nmeig - برای تجزیه و تحلیل حالت عادی، Hessian را مورب کنید
خلاصه
gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr>]] [-از [<.xvg>]] [-ول [<.xvg>]]
[-و [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-xvg ] [- [نه] ساعت] [-اولین ] [-آخر ]
[-maxspec ] [-T ] [-[no]constr] [-عرض ]
شرح
gmx nmeig بردارهای ویژه / مقادیر یک ماتریس (هسین) را محاسبه می کند که می تواند باشد
محاسبه شده با gmx mdrun. بردارهای ویژه در یک فایل مسیر (-v).
ساختار ابتدا با t=0 نوشته می شود. بردارهای ویژه به صورت فریم با عبارت نوشته می شوند
شماره بردار ویژه به عنوان مهر زمانی. بردارهای ویژه را می توان با آن تحلیل کرد gmx آنایگ، در
مجموعه ای از ساختارها را می توان از بردارهای ویژه با gmx nmens. وقتی جرم
وزن دهی استفاده می شود، بردارهای ویژه تولید شده به دکارتی ساده کاهش می یابد
مختصات قبل از تولید خروجی در این صورت، آنها دیگر دقیقاً نیستند
در هنجار دکارتی استاندارد متعامد هستند، اما در هنجار وزنی جرمی خواهند بود.
این برنامه می تواند به صورت اختیاری برای محاسبه اصلاحات کوانتومی به ظرفیت گرمایی و
آنتالپی با ارائه یک آرگومان فایل اضافی -qcorr. به دفترچه راهنمای GROMACS، فصل 1 مراجعه کنید،
برای جزئیات نتیجه شامل تفریق درجه آزادی هارمونیک در داده شده است
درجه حرارت. کل تصحیح روی صفحه ترمینال چاپ می شود. راه توصیه شده
خروج اصلاحات عبارت است از:
gmx nmeig -s topol.tpr -f nm.mtx -اولین 7 -آخر 10000 -T 300 -qc [-constr]
La -ساختار گزینه باید زمانی استفاده شود که از محدودیت های پیوند در طول شبیه سازی استفاده شود
برای تمام la کووالانسی سهام. اگر اینطور نیست، باید آن را تحلیل کنید
quant_corr.xvg خود را بایگانی کنید
برای انعطاف‌پذیری بیشتر، این برنامه می‌تواند سایت‌های مجازی را نیز در نظر بگیرد
محاسبه اصلاحات کوانتومی هنگام انتخاب -ساختار و -qcاز -شروع و -و گزینه های
به طور خودکار نیز تنظیم خواهد شد. باز هم، اگر فکر می کنید بهتر می دانید، لطفا بررسی کنید
la eigenfreq.xvg خروجی.
OPTIONS
گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:
-f [<.mtx>] (hessian.mtx)
ماتریس هسی
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل
گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:
-از [<.xvg>] (eigenfreq.xvg)
فایل xvgr/xmgr
-ول [<.xvg>] (eigenval.xvg)
فایل xvgr/xmgr
-و [<.xvg>] (spectrum.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr
-qc [<.xvg>] (quant_corr.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
مسیر دقیق کامل: TRR cpt tng
گزینه های دیگر:
-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ
- [نه] ساعت (آره)
عناصر Hessian را بر حاصلضرب تقسیم کنید sqrt(جرم) اتم های درگیر قبل از
مورب سازی این باید برای تجزیه و تحلیل "حالت های عادی" استفاده شود
-اولین (1)
اولین بردار ویژه ای که دور نوشت
-آخر (50)
آخرین بردار ویژه برای نوشتن
-maxspec (4000)
بالاترین فرکانس (1/cm) برای در نظر گرفتن در طیف
-T (298.15)
دما برای محاسبه ظرفیت حرارتی کوانتومی و آنتالپی در هنگام استفاده از حالت عادی
محاسبات برای تصحیح شبیه سازی های کلاسیک
-[no]constr (نه)
اگر در شبیه سازی از قیود استفاده می شد اما در تحلیل حالت عادی استفاده نمی شد
(این روش توصیه شده برای انجام آن است) باید این را برای محاسبات تنظیم کنید
اصلاحات کوانتومی
-عرض (1)
عرض (سیگما) قله های گاوسی (1/cm) هنگام تولید یک طیف
با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-nmeig به صورت آنلاین استفاده کنید
